この手の解析って、正攻法は合ってないような気もします。要するに、自分たちの得意分野でどれが一番早く確実に解析できるか、って所でしょうが、どんな方法でやっても上手く行かない事もあったりするでしょうから。直接結合でないことがほぼ確実に言えるならば（これも厳密には難しい）、古典的にはY2Hはよくやられてる気もします。ただ、擬陽性の問題やそもそもin vitroで1つの因子だけで結合してるのか分からんので何も取れてこないリスクもあったりするでしょう。MSに関しては、原理的に全結合分子を取ってくるのは困難だし、直接結合分子以外も沢山あったりするので結構”アテ”実験的な感じもあるでしょうが、身近に解析をしてるラボなら細かい事考えてないで取りあえずAとBの結合分子で共通なものとかのリストを出してしまったりするのは現実的だと思います。全くMSを使った事のないとか全部企業に受託のラボとかだと、サンプル調製からしてちょっと大雑把なやり方とも思いますが。
アウトプットの仕方を工夫する必要はあるでしょうが、今ならノックダウンやノックアウトで大規模にフェノタイプを評価することで間接的に必要分子から取ってくるなんて手法もあるかもしれない思ったり。いずれにせよ、カッコいいか格好わるいかはともかく、ラボでアプローチしやすい方法（得意か不得意か）とどういう分子を想定してるのか（in vitroで結合する特定の分子しか想定しなくてい良いのか）とかでしょう。個人的にはin vitroで特定の間接因子を同定することで論文の全体像に大きく関わってくるというならば、Y2Hはある程度すぐにやれそうならそれはやってもいいんじゃないですかねと思います。単に複合体の間接かどうかを評価するだけ…というならそこまでするメリットあるかな〜って感じでしょうか？ |
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