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フォトショップを用いた適切な顕微鏡画像の調整 トピック削除
No.5035-TOPIC - 2016/05/04 (水) 02:05:22 - a
フォトショップを用いて複数の顕微鏡画像を、等しく調整したいと思っています。元の顕微鏡画像自体は全く同じ設定(レーザー強度、露光時間等)を用いて撮影しました。

具体的にはコントラストを、コントロールの変異体の細胞の画像間で等しく上げたいです。

レベル補正 -> 0, 1.00, 255となっている入力レベルの255を適当な(例えば100)に変更。変更する数字は複数の画像間で必ず同じ値を使う。

と言う方法で目的は達成できるでしょうか?

もしくは他にもっと適切な方法がある場合は教えていただけるとありがたいです。よろしくお願いいたします。
 
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No.5035-6 - 2016/05/07 (土) 18:35:45 - たていす
RGB(8bit x 3)ではなくて、各チャンネルで16bitずつの画像を得ることは出来ないですか?
photoshopよりもImageJの方が良いだろうと思います。
使うソフトは慣れの問題がるので、そう簡単にImageJにしなさいとは言えないのですが、長期的にはImageJの方が良いだろうと思います。

画像修正 削除/引用
No.5035-4 - 2016/05/06 (金) 19:45:47 - DrCarter
原則は、ヒストグラムの立ち上がりの最大の最大値と最小の最小値でトリミングします。
表現がわかりにくいですが、3枚の画像のヒストグラムの範囲がそれぞれ(10〜200), (20〜240),(30〜210)だったら、(10〜240)でトリミングするということです。
個人的には、蛍光画像は定量ではなく、あくまでも局在提示と比較定性だと思いますので、同じ条件でなら、わかりやすい画像にするためにどこで切ってしまってもよいと思っています。
例えば、細胞の背景がほとんど黒の場合、ヒストグラムの下の立ち上がり付近が突出しますので、そこは切ってしまった方がコントラストのはっきりした綺麗な画像となります。
どこまで元画像をいじってよいのか、はっきりした基準は存じ上げませんが、CNSクラスでも「こんなに飛ばしちゃって(光らせ過ぎちゃって)よいの?」という画像が散見されますので、正しい解釈の元でならある程度までは許容されるのではないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.5035-3 - 2016/05/04 (水) 03:39:15 - おお
>255を適当な(例えば100)に変更
この場合だと100以上の部分のシグナルがすべて飽和してしまいます。ヒストグラムでシグナルがないなら画像的には歪は少ないだろうと。真ん中の三角はいじらないほうがいいかと思いますたぶん。
レベル補正で真ん中の三角をいじらない限りおそらくコントラストとブライトネスの調整と一緒で直線性が保たれていると思うのですが、そのへんはよくわかりません。直線性が保てないと、最終的なアウトプットで歪が入るので。curvesの方からだと視覚的にどのようにコントラストとブライトネスが変更されたかわかりやすいとはおもいます。このときカーブを直線にしておくのがいいかと思います。

この手の調整は画像が荒くなっていきますので、どこまで許容範囲か微妙なところですね。100まで下げると輝度における解像度は半分以下になってますので、、、

(無題) 削除/引用
No.5035-2 - 2016/05/04 (水) 03:00:11 - おお
もとの顕微鏡からのイメージ取得用ソフトで調整できないですか?
同じ条件ならまあ大丈夫だと思いますけど。

あるいは、露光時間など変えたいろいろな条件で取ってみてオリジナルの図をつかう(もちろん比較するもので条件が一緒という下で)。

フォトショップを用いた適切な顕微鏡画像の調整 削除/引用
No.5035-1 - 2016/05/04 (水) 02:05:22 - a
フォトショップを用いて複数の顕微鏡画像を、等しく調整したいと思っています。元の顕微鏡画像自体は全く同じ設定(レーザー強度、露光時間等)を用いて撮影しました。

具体的にはコントラストを、コントロールの変異体の細胞の画像間で等しく上げたいです。

レベル補正 -> 0, 1.00, 255となっている入力レベルの255を適当な(例えば100)に変更。変更する数字は複数の画像間で必ず同じ値を使う。

と言う方法で目的は達成できるでしょうか?

もしくは他にもっと適切な方法がある場合は教えていただけるとありがたいです。よろしくお願いいたします。

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