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miRNA同定方法 トピック削除
No.5027-TOPIC - 2016/04/29 (金) 10:17:21 - としろ
miRNA候補のqPCRにより、どのmiRNAが特定の遺伝子を制御してるか予測可能との話を耳にしましたが、具体的にどの論文かわかりませんでした。ご存知ありませんか?
 
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No.5027-11 - 2016/04/30 (土) 07:47:08 - おお
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4009854/

(無題) 削除/引用
No.5027-10 - 2016/04/29 (金) 23:05:19 - おお
細胞が発現するmRNAからプルダウンしたかったらMS2を使うことができると思う。
https://en.wikipedia.org/wiki/MS2_tagging

(無題) 削除/引用
No.5027-9 - 2016/04/29 (金) 15:48:27 - おお
要するにmRNAを取ってきてそれについているmiRNAを検出するってやつだ。mRNAはin vitro translationでつくってビオチンとかでラベルするんじゃないか?

(無題) 削除/引用
No.5027-8 - 2016/04/29 (金) 15:18:10 - CD
RIP assayってこと? 

(無題) 削除/引用
No.5027-7 - 2016/04/29 (金) 14:33:51 - としろ
おおさん、

標的遺伝子はもう決まっているんです。それを制御するmiRNAを数百ある候補から同定すると言っていましたね。

monさん、ありがとうございます。microRNA.orgは有名なサイトですよね。
その発表者の方も同じようなサイトを使って100の候補を示していました。

確か標的mRNAをIPして、その後qPCRとか言っていたような言っていないような・・すみません、調べてみます。

(無題) 削除/引用
No.5027-6 - 2016/04/29 (金) 14:09:23 - mon
状態Aと状態Bを比較した「miRNA候補のqPCRにより」
>状態Aから状態Bに変化する時に変動するmiRNA候補が見つかる
>dada baseサーチにより標的遺伝子候補が見つかる
>あと、色々。。。
と言うことかな?

(無題) 削除/引用
No.5027-5 - 2016/04/29 (金) 14:03:47 - mon
miRNA databaseでググると以下のサイトが見つかりましたよ。
標的遺伝子を探してくれるようです。
http://www.microrna.org/microrna/home.do

(無題) 削除/引用
No.5027-4 - 2016/04/29 (金) 13:09:27 - おお
>[Re:3] としろさんは書きました :

> プライマーをオーバーハングしてどうのこうの言ってたんです。調べてまたアップデートします。

それってたんにmiRNAをqPCRで検出するための方法論で制御している遺伝子は関係ないのでは?

(無題) 削除/引用
No.5027-3 - 2016/04/29 (金) 12:43:27 - としろ
おお様、

100個ほどの候補からqPCRで同定できる方法を聞いたのですが、如何せん英語だったので、、、
プライマーをオーバーハングしてどうのこうの言ってたんです。調べてまたアップデートします。

(無題) 削除/引用
No.5027-2 - 2016/04/29 (金) 11:45:46 - おお
発現の相関(逆相関)を調べるだけのことじゃないか、、、

miRNA同定方法 削除/引用
No.5027-1 - 2016/04/29 (金) 10:17:21 - としろ
miRNA候補のqPCRにより、どのmiRNAが特定の遺伝子を制御してるか予測可能との話を耳にしましたが、具体的にどの論文かわかりませんでした。ご存知ありませんか?

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