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細菌鞭毛タンパクの塩基配列決定法について トピック削除
No.498-TOPIC - 2012/05/09 (水) 16:23:44 - honota
はじめて投稿させていただきます。私は、ある細菌の鞭毛のタンパクをバキュロウイルスで発現させたいと考えています。残念ながら、この細菌の鞭毛タンパクをコードするDNAの塩基配列はわかっていないようで、自分で決定しなくてはなりません。しかしながら、このような仕事に関しては初心者なため、このDNAの塩基配列を決定する方法がわかりません。塩基配列決定までの仕事の流れをご教授いただければ幸いです。とても恥ずかしいお願いで申し訳ありませんが、どうぞよろしくお願いします。
 
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御礼 解決済み 削除/引用
No.498-3 - 2012/05/10 (木) 21:54:29 - honota
仕事環境に関するご指摘、ごもっともです。是非、改善したいと思います。
また、定番的な方法をご教授いただき、誠にありがとうございました。ぼやっとしていたものがはっきりした気がします。

(無題) 削除/引用
No.498-2 - 2012/05/10 (木) 09:59:43 - AP
やろうとしていることに初心者で、だけどスーパーバイズしてくれる人はいない、まわりにディスカッションや相談をしてくれる人も皆無で、はじめの一歩から掲示板に頼らなければならないような、かわいそうな状況なんですか? そういうのは研究に不可欠な要素と言っていいと思うのですが、もし本当にそういう状況なら、そこから変えていく必要を強く感じます。

未知の遺伝子やタンパク質を取得するというは、材料や扱う遺伝子違えど無数の先例があるはずです。文献から学ぶ余地もあるんじゃないですか。

定番的な方法としては、
近縁種の遺伝子情報があるなら、その塩基配列から保存性の高い(機能的に重要でバリエーションが少ないと見込まれる)領域を選んで、degeneralte primerでゲノムDNAからPCRをかけて材料生物の当該領域を得る。その配列をスタートにして完全長の遺伝子領域をPCR walkするなどして得る。

細菌鞭毛タンパクの塩基配列決定法について 削除/引用
No.498-1 - 2012/05/09 (水) 16:23:44 - honota
はじめて投稿させていただきます。私は、ある細菌の鞭毛のタンパクをバキュロウイルスで発現させたいと考えています。残念ながら、この細菌の鞭毛タンパクをコードするDNAの塩基配列はわかっていないようで、自分で決定しなくてはなりません。しかしながら、このような仕事に関しては初心者なため、このDNAの塩基配列を決定する方法がわかりません。塩基配列決定までの仕事の流れをご教授いただければ幸いです。とても恥ずかしいお願いで申し訳ありませんが、どうぞよろしくお願いします。

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