サイズがあまり大きくないDNAならvortexしても構いません(実害が無いレベル)。おおよその目安は10 kb以下、cccのプラスミドならもう少し大きくてもいいかもしれません。
cccのプラスミドの場合、nickやdouble strandbreakが生じるとcccに対するOCやlinearの比率が上がるので電気泳動すればすぐに分かります。一度、vortexありとなし(あるいはピペッティング)で比べてみたらどうでしょうか。
vortexを避けてpipettingにするメリットはあまり感じません。large boarのチップを使うなど配慮しなければ、剪断力はかなり強いです。多サンプルだとチップをいちいち替えなきゃならなかったりして面倒だし。vortexよりマイルドな攪拌方法としてtappingというテクニックもよく使われますけど? |
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