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(無題) 削除/引用 No.4949-4 - 2016/03/29 (火) 21:50:15 - もも >[Re:2] APさんは書きました : > Sangerシークエンス法と同様、RI、スラブゲル、オートラジオグラフィでやっていたころしか知らないのですが、今はなにか新しい方法でやるんでしょうか。non-RIとかキャピラリーゲルとか、、、、、 RIでやっています。 compressionという現象があるのですね。 細胞内から回収したrRNAではﾗﾀﾞｰの中間（TとG)に出るのですが、 試験管内転写系で合成したrRNAでは、Gになり、解釈に困っています。 細胞内で転写されたRNAの5末端に、特異な構造があるのでしょうかね?? > >rRNAだとメチル化修飾が思い当たりますが、そのようなことで移動度が変わる > > 私の理解が間違っていなければ、泳動像に現れるのはRNAを逆転写したcDNAですからrRNAのメチル化は関係ないんじゃないか その通りですね。 私の勘違いでした…

(無題) 削除/引用 No.4949-3 - 2016/03/26 (土) 15:13:59 - おお ノンRIのラベルだと、ついているものの大きさで移動度のシフトがあるのかなぁ。。。比較対象としているリファレンスシーケンスは何を使っているのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.4949-2 - 2016/03/25 (金) 20:50:19 - AP Sangerシークエンス法と同様、RI、スラブゲル、オートラジオグラフィでやっていたころしか知らないのですが、今はなにか新しい方法でやるんでしょうか。non-RIとかキャピラリーゲルとか、、、、、 さて、RIでやっていた頃の話ですが、特定の塩基の並びでラダーの間隔が狭くなったり、一方が濃く他方がごく薄くなるバンドパターンになったり、いろいろ癖があったものです。ラダーの間隔が短くなるのをcompressionと言っていましたが、そうなると本来のラダーとずれて中間くらいにバンドがでます。おそらく末端に特定の配列があると二次構造で易動度が若干早くなるんでしょうね。これの起こる並びにAGがあったようななかったような。compressionを防ぐためにdGTPのかわりに7-deaza-dGTPとかdITPにするというのがあったと記憶します。 >rRNAだとメチル化修飾が思い当たりますが、そのようなことで移動度が変わる 私の理解が間違っていなければ、泳動像に現れるのはRNAを逆転写したcDNAですからrRNAのメチル化は関係ないんじゃないか

プライマー伸長法, 削除/引用 No.4949-1 - 2016/03/25 (金) 13:10:35 - もも 原核生物の16S rRNA の転写開始点を決めるために、 プライマー伸長法を行っています。 転写開始点のシグナルが、ラダーシグナルの中間に位置して解釈に困っています。 もう少し具体的に書くと、転写開始点（のシグナル）がラダーのAとGの間に位置しています。 rRNAだとメチル化修飾が思い当たりますが、そのようなことで移動度が変わる、ことはあるのでしょうか？ ご意見、コメントをよろしくお願いします。

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