Bio Technical フォーラム

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ORFの取得 トピック削除
No.4934-TOPIC - 2016/03/19 (土) 08:16:11 - a
やや漠然とした質問で恐縮なのですが、RNA配列のデータベースから、大小・既知のタンパクの有無を問わずに潜在的な"ORF"を取得したい場合、何か賢い方法はありますでしょうか？

最悪RNAのデータベースをダウンロードし、エディタで開いてAUGとストップコドンをマークする、という力技に頼るのもありかと思っていますが、何か洗練された方法があったりしないかなと思いお尋ねさせていただきました。お知恵を拝借できたら幸いです。
　
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No.4934-4 - 2016/03/20 (日) 08:36:51 - a
APさん情報どうもありがとうございます。
利用中のソフトウェアにはこの機能は見当たりませんでしたが（探したりないだけの可能性もありますが）、Webサービスはお示しいただいたNCBI以外にも色々とあるようですね。
非常に助かりました、心から感謝申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.4934-3 - 2016/03/19 (土) 20:18:58 - AP
open reading frame finderで検索するとwebベースのサービスがいろいろ見つかりそうです。たとえば
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/

(無題) 削除/引用
No.4934-2 - 2016/03/19 (土) 20:16:13 - AP
GENETYXとかDNASISのようなソフトウェアパッケージには組み込まれていますけどね。
すべてのフレームでATGと終止コドンのマッピング、指定長以上のORFの書き出し、なんとかという計算によるORFが実際にタンパク質をコードしている可能性の高さの指数の算出など。

ORFの取得 削除/引用
No.4934-1 - 2016/03/19 (土) 08:16:11 - a
やや漠然とした質問で恐縮なのですが、RNA配列のデータベースから、大小・既知のタンパクの有無を問わずに潜在的な"ORF"を取得したい場合、何か賢い方法はありますでしょうか？

最悪RNAのデータベースをダウンロードし、エディタで開いてAUGとストップコドンをマークする、という力技に頼るのもありかと思っていますが、何か洗練された方法があったりしないかなと思いお尋ねさせていただきました。お知恵を拝借できたら幸いです。
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