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(無題) 削除/引用 No.4909-5 - 2016/03/11 (金) 14:22:07 - a trackerさん 何度も本当にありがとうございます。非常にご丁寧に、ものすごく有益なアドバイスいただけて感謝を通り越して感動しています。 逆に質問したのに無責任すぎて自分が恥ずかしいぐらいなんですが、実は具体的にどの構造を知りたいだとかすらまともに見定めておらず、「表面に近い部分に存在していて外部からアクセスしやすい塩基はどの辺だろう」という漠然とした疑問のもと、Googleイメージ検索してはみたものの出てくる画像の見方すらよく分からずどうしたもんかと数分悩んだ末、特に熟慮することもなくこのフォーラムに丸投げした、といった次第でした…。 いただいたアドバイスは有益だったばかりか自分の他人任せの姿勢を正すいい発破材にもなりました。 どうでもいいお礼長文のみでこれまた申し訳ないことしきりですが、重ね重ね素晴らしいアドバイス本当にありがとうございました。活かせるよう頑張ります！

(無題) 削除/引用 No.4909-4 - 2016/03/11 (金) 10:05:54 - tracker >[Re:3] aさんは書きました : > なるほど！PDBファイルを使えば詳細を自分で見ることが出来るんですね。そんなことにも気付かないレベルでした。 pymolやrasmolなどのviewerは大抵感覚的に操作できるので便利ですし、iOSで操作できるiMolviewとかも軽く見るだけなら使えます。 厳密にどの側鎖がどの方向(構造内部とか溶媒面とか)を向いている、とかいうのは電子密度図を表示させればある程度把握できます。 > しかし、RNAの場合にもPDBファイルってのは存在するものなんですかね…？ > …まあ聞くより実際見てみるほうが早いと思うので自分で確かめてみようと思います。 けっこう無責任な感じで答えてしまったかもしれないので少しだけ検索してみました。 ttp://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1DFU 質問の第一印象としてこんな感じでリボソームタンパクとのcomplexで構造解析されているのかと思いました。これだとrRNAの立体構造と塩基番号の対応は簡単だと思います。 aさんの参考にしている構造もcomplexではないですか？ タンパク質と結合していないフリーのrRNA単独の構造解析ってとても難しそうです 構造屋さんではない素人の意見なので参考まで…

(無題) 削除/引用 No.4909-3 - 2016/03/11 (金) 00:25:30 - a なるほど！PDBファイルを使えば詳細を自分で見ることが出来るんですね。そんなことにも気付かないレベルでした。 しかし、RNAの場合にもPDBファイルってのは存在するものなんですかね…？ …まあ聞くより実際見てみるほうが早いと思うので自分で確かめてみようと思います。 アドバイスありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.4909-2 - 2016/03/10 (木) 08:37:35 - tracker 結晶構造解析がなされてpublicationされているのならPDBファイルを入手できそうですが その立体構造図を載せている論文にPDBコードが記載されていないですか？ そういうのがあるなら構造見て割と簡単に分かりそうですが

rRNA立体構造図での塩基との対応 削除/引用 No.4909-1 - 2016/03/10 (木) 04:25:52 - a 基本的な質問かもしれないので恐縮ですが、rRNAの結晶構造モデルなどの立体構造図がよくあると思うのですが、「各リボンが何番目の塩基に対応しているのか」というのはどのように推測をつければいいのでしょうか？ 特に「ここがヘアピンいくつ」と書かれていないモデル図では、塩基番号との対応は難しいんですかね…？ 具体的に今見たいのは、単にバクテリアrRNAの内、リボソーム表面に露出している可能性の高い塩基がどれかを知りたい、というだけなんですが（二次構造モデルで推測可能？）、それに限らず一般的に立体構造モデル図の見方というか何が何を意味しているのかってイマイチよく分からないので、何かいいアドバイスお持ちの方いらっしゃいましたらご教示いただけると幸いです。

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