Bio Technical フォーラム

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PCRのための最適な希釈倍率 トピック削除
No.4890-TOPIC - 2016/03/01 (火) 23:36:00 - genom14
エタノール沈殿したDNAサンプルをPCRで増幅したのですが、その際に濃度が1000ng/μl近くあったので10倍希釈と50倍希釈のサンプルを作って増幅しゲル電気泳動で増幅を確認しました。
次にバンドが濃く検出された方の濃度で5連で増幅したところバンドがうっすらとしか見えなくて今回の希釈倍率では安定して増幅されないことが示唆されました。
次に別の濃度で希釈して安定して増幅する濃度を探したいのですがさらに希釈して100倍希釈や200倍希釈のサンプルを増幅するのは良くないのでしょうか?
残りの試薬も少ないので色々な濃度に希釈して何回も増幅することは許されない状況です。
薄めた方がPCR阻害物質の量が減って増幅効率が良くなることもあると聞いたことがあります。
 
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ご回答ありがとうございます。 削除/引用
No.4890-3 - 2016/03/02 (水) 12:54:25 - genom14
数10ngが適量なので約1000ng/μlのDNAサンプルを100倍希釈と200倍希釈してから5μl電気泳動してみる予定です。

(無題) 削除/引用
No.4890-2 - 2016/03/02 (水) 00:49:58 - おお
イマイチ何をやっているのかわからないのですが、哺乳類のゲノムとかだったら数十ナノグラム/チューブが最適と言われています。ターゲットの配列を含む割合が高いならそれよりも濃度を上げてもうまくいく可能性は高いですが、逆にDNAの濃度としてそれより低くても十分かかる量あるとも言えます。

PCRの阻害物質はサンプルによって存在するかどうかも違ってくるので答えるのは無理です。

PCRのための最適な希釈倍率 削除/引用
No.4890-1 - 2016/03/01 (火) 23:36:00 - genom14
エタノール沈殿したDNAサンプルをPCRで増幅したのですが、その際に濃度が1000ng/μl近くあったので10倍希釈と50倍希釈のサンプルを作って増幅しゲル電気泳動で増幅を確認しました。
次にバンドが濃く検出された方の濃度で5連で増幅したところバンドがうっすらとしか見えなくて今回の希釈倍率では安定して増幅されないことが示唆されました。
次に別の濃度で希釈して安定して増幅する濃度を探したいのですがさらに希釈して100倍希釈や200倍希釈のサンプルを増幅するのは良くないのでしょうか?
残りの試薬も少ないので色々な濃度に希釈して何回も増幅することは許されない状況です。
薄めた方がPCR阻害物質の量が減って増幅効率が良くなることもあると聞いたことがあります。

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