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お礼 削除/引用 No.4879-5 - 2016/03/01 (火) 12:51:25 - 遊Chem おおさん、TK-1さん、Colさん ご回答ありがとうございます。返信が遅れまして申し訳ありません。 実際、解析したデータは他人のデータです。 回答いただいた内容をもとに少し、調べてみます。 あまり、ウェットな実験の方を理解しないままドライのデータ解析を行ってみた感じです。勉強不足なまま投稿してしまい申し訳ありません。

(無題) 削除/引用 No.4879-4 - 2016/02/27 (土) 12:54:51 - Col 転写因子に対する抗体でIPしているんですよね？ヒストン修飾だったら、ダラダラと色んな所にリードがマップされますよ。 ポジコンとなるような場所はピークコールされたんですか？そういうピークが全然みられなくて、Inputと同じような感じだったらChIP自体がうまくできてないと思います。 ちゃんとピークがみられたうえで、インタージェニック領域にリードがマッピングされるのはある程度仕方ないですよ。普通にChIP-qPCRしていてもバックグラウンドをゼロにするのは無理ですしね。 変なところがピークコールされるので困っているのであればピークコーラーの閾値を厳しくするのも手ですけど、実験がうまく行っていないのを隠しているようで気が引けます。 ライブラリは自分で作りました？他人が作ってたら、そもそもライブラリ作成時に供するDNA量を揃えているかもしれないし、フローセルにのせるときに量を揃えているかもしれないし。 QCやマッピングもViewerもソフトによってはノーマライズされているかもしれないし。

(無題) 削除/引用 No.4879-3 - 2016/02/27 (土) 06:29:00 - TK-1 chipそのものがうまくいっていない？ sequencingのライブラリーを作る前にqPCRでQCをしていないのですか？

(無題) 削除/引用 No.4879-2 - 2016/02/27 (土) 04:26:41 - おお それはきっと全体のリード数を揃えたからでしょう。

ChIP-seqのバックグラウンドの正体は？ 削除/引用 No.4879-1 - 2016/02/27 (土) 02:24:17 - 遊Chem いつもお世話になっております。 ChIP-seqのバックグランドについてお伺いしたいと思います。 ChIPで得れたDNA断片を次世代シーケンサーで読み取り、読み取った配列、リードをマッピングしますが、マッピング後のデータを見るとインプットと変わらないぐらいクロマチン全体にリードがマッピングされています。 ChIPを行っているので、特定の領域にしかリードがないと思っていました。 質問ですが、このバックグランドとなるリードの正体は何でしょうか？ また、バックグラウンドのリード数とInputのリード数が同程度なのは、なぜでしょうか？ InputはChIPをする前のサンプルなので、バックグラウンドよりリード数は多くなると思われます、、、（それを考えると対象とする蛋白質が結合する領域のリード数もInputより小さくなるはずですが、、、） 色々と調べてみたのですが、ChIP-seqの基本的なところがわかっていない状態です。ご回答よろしくお願い致します。

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