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(無題) 削除/引用 No.4844-5 - 2016/03/15 (火) 17:02:36 - 鬼武者 rare variantでないのであれば、 イルミナやアフィメトリックスのGWAS用チップを用いて 10万以上の遺伝子多型を一度に解析し、疾患と関連のあるSNPを同定します。 調べたいSNPが決まっているのであれば、Taq Man法を用いて解析します。 健常人DNA, 疾患群DNAをある程度を集めない(各500人以上）と 集団の階層化の影響を大きく受けるし、論文として受理されない傾向に なっています。 お金もかなりかかりますので、 ほんとに実験実施可能かよく考える必要があります。 GWASは実験の精度や複雑なデータの解析を要求されますので、 その筋の専門家にお願いする必要が出てくるかと。

(無題) 削除/引用 No.4844-4 - 2016/02/16 (火) 10:53:51 - AA HapMapプロジェクトのようなデータベースもあるのでそちらを先に調べて 疾患に関連するSNPで既にわかっているものなど調べられるのをおすすめします。 その上でSNPアレイや、NGSなどで解析を相談されるのが良いでしょう。 特にNGSは１回の実験コストが高いこともあってか、、 外注先や試薬メーカーもかなり細かな相談に乗ってくれます。

(無題) 削除/引用 No.4844-3 - 2016/02/15 (月) 04:25:49 - おお 最近はこういうのもありますけどね。 http://www.bio-rad.com/en-us/applications-technologies/what-high-resolution-melting-hrm 疾患に関連のこの手の実験は最近では数百例のサンプリングなどで統計に有意差が出てやっと関連しているという感じの発表が多いです。ただもしかしたら健常人のSNPsは頻度などデーターベース化しているかもしれないので、そうするとちょっとやりやすくなるかもしれません（ただ人種による偏りをどのように否定するかというのははありますけど）。 シーケンスはきれいな波形がでれば比べやすいとおもいます。外注ならその先で相談してみたらどうでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.4844-2 - 2016/02/14 (日) 23:25:41 - ぺーぺー 情報が足りないので詳細は分かりませんが……。 目的のSNPを含む配列をゲノムからPCRで増やして、通常のダイレクトシークエンスの結果で波形を見ればいいのではないでしょうか？

遺伝子多型 削除/引用 No.4844-1 - 2016/02/14 (日) 22:00:51 - 名無し ある疾患に罹患した人と健康な人のあいだで、ある遺伝子について、この疾患に関連する可能性のある遺伝子多型(SNPs)を見つけたいのですが、通常のDNAシーケンスを行なって配列を比較すればよいのでしょうか。一応、分生は外注しようと思うのですが。 いろいろないきさつから私が調べることになったのですが、もともと専門がこの領域でなく、あまり詳しくないので分かる人いたら教えて下さい。

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