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ポリクロ作成用抗原の純度はどこまで トピック削除
No.4839-TOPIC - 2016/02/12 (金) 14:20:45 - how slight
ポリクロ抗体の作成目的で抗原を作るとき、みなさんはどれくらいの純度までなら許容しますか?

たとえばGSTとかHisで精製して、SDS PAGEでメインバンドがかなりあって、CBBでわずかに見えるくらいのサブバンドなら許容する とか。
(私はこの状態で出していいかをいつも悩みます)

大腸菌発現系で、封入体からなら8割は目的タンパクだから封入体さえ洗ってしまえばOKという意見もありますし、気になったのでトピックを立てさせていただきました。
 
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(無題) 削除/引用
No.4839-6 - 2016/02/12 (金) 19:59:42 - AP
まあ、あんまり気にしなくていいと思います。
80%以上の精製度で負担なく精製できる程度までくらいの感覚です。
それを超える労力をかけたからといって、それだけできる抗体の性能がよくなるとは限らないし、収量を犠牲にしてしまうことになりかねないし、費用対効果が割りに合わないと思います。むしろ低い精製度でも量をとって、doseを高めにするとか、免疫動物数を増やすとかしたほうがいいのがとれそう。

タンパク質によって抗原性が違うので、夾雑物を一生懸命減らしてもそっちの抗体のほうがよく付くかもしれないし、精製度は低くても目的のタンパク質に対する抗体のほうが圧倒的に高い力価になるかもしれない。やってみなければわからないので、変なところで悩む前にまず打ってみろ、というところです。

そもそも、夾雑物は大腸菌由来です。
出来た抗体をバクテリア由来材料にアプライする可能性があるならともかく、別の生物由来材料に使うなら、問題になることはまずないはず。
大腸菌に対する抗体が邪魔なら、大腸菌で吸収してやれば簡単に除けます。そうでなくても、アフィニティー精製することが多いはずですよね。

>あと、アクリルアミドから切り出した抗原で作った抗体は免染まで使えたりするか、

PAGEから切り出したから、免染(WB, IP)に使えない、という理由はないです。できた抗体がたまたま非変性状態ではアクセスしにくいエピトープだったとかいうのは、偶然であるか、元からそこがしかエピトープになりえないとかであって、どうやって精製した免疫原かには無関係と言っていいです。

抗原タンパク質は抗原提示細胞に食われてバラバラの断片にされて提示されますので、SDS-PAGEで変性しようとしまいと関係ないです。

(無題) 削除/引用
No.4839-4 - 2016/02/12 (金) 19:40:07 - あqswでfrひぃjろp;@:「
免疫して抗体作るのって結構奥が深いというか、偶然の要因に左右されたり知識や経験では図れない謎が多くてね。出来具合いが必ずしも量と対応しない。なので純度が高ければいいかといわれたら難しい。目的とするメジャーな蛋白質の抗体がなかなか出来なくて、そのうちにコンタミの微量蛋白質の``良い``抗体がしっかり出来てきたりとかあるし。抗原性がまちまちだからね。とりあえず、目指す蛋白質の抗体が出来ている事が分かったら、余計な抗体が出来てくる前に早期に(←ここ大事なところ)ある程度まとまった量を採血して、(クラスがIgGならば)硫安分画、透析、proteinAカラムの順でIgG画分にしてから精製した抗原蛋白質or抗原ペプチドを固相化したカラム(バッチ法ならビーズ)に通して精製すればいいとおもう。
特異性を重視するならペプチド抗原(業者に化学合成してもらう)でキャリア蛋白質(BSA、KHL, など)に結合させて免疫した方がgoodだとおもうし、使える抗体が得られる可能性も高まるとおもう。市販品は今の時代は大抵はそうやってるんじゃないかな。モノクロじゃないけど、うまくいけばそれに近いモノスペシフィック抗体が得られる。抗原性の高いであろう領域についてはアミノ酸配列からあらかじめ予測出来るみたいだし。異なる領域のものを何種類か用意して免疫すればいいとおもう。ペプチドの予測から合成まで相談しながら受託でやってる会社もあるとおもう。
あと免疫はSPFとかクリーン度のたかい環境でやるのは大切。グローブと帽子も着用。実際、ケラチン抗体が出来てくることがよくあるので。市販品でも55Kくらいにつよい汚れのような2〜3本の強いnonspecific signalが出るのはしばしば経験する。たいてはこれ。もしそうなったら上記の精製をすればいいけど。

(無題) 削除/引用
No.4839-3 - 2016/02/12 (金) 15:35:20 - おお
クルードでも、ゲルをそのまま打っても有りというか、出来る場合はできますけどね。。。はっきりこれではだめでこれなら良いといえる人はいないんじゃないかな。たとえば抗原がなにか原核生物のものだったら、混じった物に対する抗体が目的の原核生物のオーソログに反応する心配は真核生物の抗体作るよりあるんじゃないかと。精製する余裕があればすればいいんじゃないかな。

追記 削除/引用
No.4839-2 - 2016/02/12 (金) 15:15:55 - how+slight
あと、アクリルアミドから切り出した抗原で作った抗体は免染まで使えたりするか、経験のある方がいたらお教えいただけたら幸いです

ポリクロ作成用抗原の純度はどこまで 削除/引用
No.4839-1 - 2016/02/12 (金) 14:20:45 - how slight
ポリクロ抗体の作成目的で抗原を作るとき、みなさんはどれくらいの純度までなら許容しますか?

たとえばGSTとかHisで精製して、SDS PAGEでメインバンドがかなりあって、CBBでわずかに見えるくらいのサブバンドなら許容する とか。
(私はこの状態で出していいかをいつも悩みます)

大腸菌発現系で、封入体からなら8割は目的タンパクだから封入体さえ洗ってしまえばOKという意見もありますし、気になったのでトピックを立てさせていただきました。

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