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X染色体上の遺伝子のノックアウト(ヒト女性由来培養細胞) トピック削除
No.4806-TOPIC - 2016/02/02 (火) 10:28:17 - X
ふとした疑問です。

骨肉腫細胞株でクリスパーキャス9系でX染色体上の遺伝子をノックアウトしたいのですが、作ったgRNAのデザインが悪いのかトランスフェクションされた細胞をバルクソートしてそこからPCR、シークエンスすると5−10%ほどのゲノム編集が認められました。

ただ、この目的の遺伝子はX染色体上にあり、もしヘテロが取れたとしても、ノックアウトか野生型のどちらが取れるのではと考えました。(2本あるX染色体のうち、片方は不活化されていると習ったので)このアイデアはあっていますでしょうか?もちろんバックアップで新しいプラスミドは作るつもりではいます。目的の遺伝子がAとして、X染色体にそれぞれあるAの片方がゲノム編集でノックアウトになったら、もう片方の不活化していたX染色体上のAが代償的に発現し始めるなんてことはありえますでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.4806-3 - 2016/02/02 (火) 12:10:37 - AP
そもそも培養細胞は核型が正常であるほうが少なく倍数性、異数性である場合がほとんど、新生物由来ならなおさらだと思うけど、あなたの使っている細胞株はどうか。
X染色体の欠損がヘテロと言っても、Xが何本ある細胞だろうか?
例えば完全な四倍体だと核型が92,4Xとなるけれど、この場合、常染色体とのバランスで二本のXが不活性化され二本が活性化するらしいが。

(無題) 削除/引用
No.4806-2 - 2016/02/02 (火) 12:03:52 - おお
教科書的な理屈ではそうですが、やはり不安が残りませんか?
ほかのX染色体のKOはどうなってますか?

http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2013/10/07/molbev.mst148.long
こんなのもありますし。

http://www.hindawi.com/journals/ijcb/2010/289653/
ここでは非常にタイトなレギュレーションが示されてますが、コントロールが完全に0ではないですよね。もちろん0でないということが何を反映しているのかという点で、必ずしも不活性化が解除されているのか定かではありませんけど。

X染色体上の遺伝子のノックアウト(ヒト女性由来培養細胞) 削除/引用
No.4806-1 - 2016/02/02 (火) 10:28:17 - X
ふとした疑問です。

骨肉腫細胞株でクリスパーキャス9系でX染色体上の遺伝子をノックアウトしたいのですが、作ったgRNAのデザインが悪いのかトランスフェクションされた細胞をバルクソートしてそこからPCR、シークエンスすると5−10%ほどのゲノム編集が認められました。

ただ、この目的の遺伝子はX染色体上にあり、もしヘテロが取れたとしても、ノックアウトか野生型のどちらが取れるのではと考えました。(2本あるX染色体のうち、片方は不活化されていると習ったので)このアイデアはあっていますでしょうか?もちろんバックアップで新しいプラスミドは作るつもりではいます。目的の遺伝子がAとして、X染色体にそれぞれあるAの片方がゲノム編集でノックアウトになったら、もう片方の不活化していたX染色体上のAが代償的に発現し始めるなんてことはありえますでしょうか?

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