こんにちは。初めてご相談をさせていただきます。
現在ESTSSRマーカーを用いて集団解析をしているのですが、スクリーニング時、またはその後、数回はPCR、genemapperともにうまくいっているのですが、突然、うまくいかなくなるマーカーがあり困っています。
具体的には、そのマーカーが入っているすべてのサンプルにおいて、すべて同じピークがでます。
このピークは目的領域らへんに出るのですが、他の場所にはピークはまったくでず、またスクリーニング等で用いていたサンプルでも同じ場所に出てしまいます。（それまではまったく違う場所にピークがあり、多形性もあった）
シングルプレックスでもマルチプレックスでも同じ結果が出てしまいます。
またそういったマーカーが数多く出てきます。
もちろんそんなことにならないマーカーも存在します（今のところかもしれませんが）。そうならないマーカーと同時にシーケンサーにかけたり、同じPCR機にかけても大丈夫なマーカーは大丈夫ですが、上記の同じピークが出てしまうマーカーはやはり同じピークがでます。（サンプルも同じです。）
最初数回はうまくいくのに、、、本解析らへんで使えなくなってしまいます。
スクリーニングから本解析まで、ほんの数日しかたってませんし、注文してすぐのプライマーを用いており、プライマー本体のせいとは考えにくいです。
説明不十分なところがあるかもしれませんが、どうかなにか助言をいただけたら、と思います。
どうかよろしくお願いいたします。 |
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