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far-western? or regular western? トピック削除
No.4753-TOPIC - 2016/01/16 (土) 08:42:50 - terminology
terminologyに関して、論文執筆中に生じた疑問を教えていただけますと幸いです。

現在ウエスタンブロットで使う一次抗体としてラビットscFv-myc-Hisx5を使っています。
ラビットscFvは蛍光ラベルしたProtein-Lでは認識されないので, anti-myc (9E10)-HRPでscFvを検出しています。

これはfar-westernといいますでしょうか?それともregularなwestern blottingと書くべきでしょうか?

大変稚拙な質問で恐縮ですが、宜しくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4753-9 - 2016/01/16 (土) 21:09:06 - scsc
>[Re:8] 無名さんは書きました :
> ThermoFisher Scientificの解説によるとFar westernでいいのか?

Far-Western blot analysis is an alternative method to analyze protein-protein interactions that entails probing proteins that have been separated by gel electrophoresis with tagged bait proteins, and the interacting proteins (prey) are then detected through multiple methods.

タンパク質ータンパク質の相互作用を見る手法と記載されています。
今回は、とある翻訳後修飾を特異的に認識するscFvを用いて、翻訳後修飾の有無を検出するのが目的なので、Far Western Blottingではないと思います。
おおさんの提案のように、modified western blottingとしてもよいかと思います。

Far Western Blottingという方は、どういう理由があるのでしょう?

(無題) 削除/引用
No.4753-8 - 2016/01/16 (土) 20:20:12 - 無名
ThermoFisher Scientificの解説によるとFar westernでいいのか?
ふと思ったのですけど、immunoblottingと記載しておけば、どちらでも対応するのでは?

www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/protein-biology/protein-biology-learning-center/protein-biology-resource-library/pierce-protein-methods/far-western-blot-analysis.html

(無題) 削除/引用
No.4753-7 - 2016/01/16 (土) 19:49:34 - なり
far western ではありません、惑わされないように。

(無題) 削除/引用
No.4753-6 - 2016/01/16 (土) 19:08:17 - くぁswでfrgtこlp;@
これは、far-westernでしょ。

(無題) 削除/引用
No.4753-5 - 2016/01/16 (土) 12:15:45 - おお
regular でないというので気になるなら、modified western blotting (analysis using... )とか書けばどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.4753-4 - 2016/01/16 (土) 12:10:35 - terminology
mon様、scsc様

コメントをいただきまして、有難うございます。
このscFvは翻訳後修飾を認識するウサギの配列を持った組替えscFv-myc-Hisx5タンパク質です。

野生型の細胞と、翻訳後修飾ができない変異細胞とでtotal cell lysatesをSDS-PAGEにて分解し、PVDF膜に転写後、scFvでイムノブロットしますと、ラダー状に野生型ではbandsがでますが、 変異細胞ではbandsはでません。

それぞれのbandsがどんなタンパク質なのかはわかりません。

とするとwestern blottingが正しそうですね。
そのように記載することにします。有難うございます。

(無題) 削除/引用
No.4753-3 - 2016/01/16 (土) 12:04:05 - scsc
Western Blottingは目的のタンパク質の存在を確認する手法で、Far Western Blottingは複数のタンパク質の相互作用を確認する方法だと理解しています。
そういう観点から、この実験の目的が、あるタンパク質をscFvを用いて検出することならWestern Blotting、目的タンパク質とscFv(もしくはmycやHis tag)の相互作用を解析したいということであれば、Far Western Blottingになると思います。

(無題) 削除/引用
No.4753-2 - 2016/01/16 (土) 11:23:23 - mon
far-westernとは抗体以外のタンパク等を一次に使う検出法だと思いますので、通常のwestern blottingでよいのではないでしょうか。
方法をきちんと記載しておけば、勘違いする読者もいないと思います。

far-western? or regular western? 削除/引用
No.4753-1 - 2016/01/16 (土) 08:42:50 - terminology
terminologyに関して、論文執筆中に生じた疑問を教えていただけますと幸いです。

現在ウエスタンブロットで使う一次抗体としてラビットscFv-myc-Hisx5を使っています。
ラビットscFvは蛍光ラベルしたProtein-Lでは認識されないので, anti-myc (9E10)-HRPでscFvを検出しています。

これはfar-westernといいますでしょうか?それともregularなwestern blottingと書くべきでしょうか?

大変稚拙な質問で恐縮ですが、宜しくお願いします。

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