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多数の有意差検定
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No.4735-TOPIC - 2016/01/12 (火) 13:48:24 - 無知
素人質問ですみません。
マイクロアレイで発現解析をしています。
2つの対象サンプルをそれぞれ3反復について解析しています。
多数(万)の遺伝子の発現量について有意差検定をしたいのですが、
どのような検定が適切でしょうか?
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No.4735-4 - 2016/01/14 (木) 08:12:29 - col
よく使われるのはSAMなどでしょうか。T-testするよりはS/Nの改善が期待できるとされています。P-valueとFDRを見ながらカットオフを決められると良いように思います。
あるいはサンプル数が少なめなのでRank product法なやWAD法などの検定値が出ないような処理でランキングを割り出して、あとはqPCRで確認というのでも良いのではないでしょうか
(無題)
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No.4735-3 - 2016/01/13 (水) 10:19:44 - おお
従来の多重検定では厳しすぎるので、多重の補正をせずにp値をだして、false discovery rateを併記することが多いようです。
(無題)
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No.4735-2 - 2016/01/12 (火) 14:31:55 - おお
知り合いがやっていて、違うパラメーターを同時に使うんだけどちょっと用語が今思い出せないんだけど、最近の論文はたいていそのようにやっているのですぐわかるんじゃないかな。誰かすぐ答えてくれそうだけど。
多数の有意差検定
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No.4735-1 - 2016/01/12 (火) 13:48:24 - 無知
素人質問ですみません。
マイクロアレイで発現解析をしています。
2つの対象サンプルをそれぞれ3反復について解析しています。
多数(万)の遺伝子の発現量について有意差検定をしたいのですが、
どのような検定が適切でしょうか?
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