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(無題) 削除/引用 No.4611-7 - 2015/11/27 (金) 11:38:19 - へたれ 橘　様 ありがとうございます。 番号や表記の違いについては理解できました。 おそらく、違いの中身（分子生物学的な部分）も勉強不足で理解できていないため、何が本当に欲しい情報なのかさえ分かっていないような気がします。 勉強します。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.4611-6 - 2015/11/26 (木) 22:30:40 - 橘 AT2G45560はスプライシングバリアントの AT2G45560.1 と AT2G45560.2 がありますよね。 配列自体が違いますから、配列を見てあなたが使用した配列と比較して下さい。 TAIRやNCBIに配列情報は載っています。 http://www.arabidopsis.org/servlets/TairObject?type=locus&name=AT2G45560 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/819164 (TAIRとNCBIでは図の向きが逆になっていますので注意して下さい) AT2G45560と書かずにINSDアクセッション番号とCYP76C1の配列であることを述べるだけでいいような気もします。 要は配列が特定でき他人が追試できることですから。

(無題) 削除/引用 No.4611-5 - 2015/11/26 (木) 20:35:50 - へたれ 橘　様 早々に回答くださりありがとうございます。 理解できました。 追加の質問で大変恐縮なのですが、お願いします。 論文で、今回の実験に使った配列は「At2g45560」と書くのは正しいのでしょうか？先ほど説明していただきましたように「At2g45560」には複数のエントリがあると思います。 今、読んでいる論文では、このように書かれていて、実際どの配列を用いたのか不明です。

(無題) 削除/引用 No.4611-4 - 2015/11/26 (木) 19:19:56 - 橘 AT2G45560はCYP76C1の別名(という表現が正確か若干疑問もありますが)です。 アクセッション番号ではありません。 アクセッション番号はアルファベット数文字とそれに続く数字であり、「アルファベット、数字、アルファベット、数字」という形にはなりません。 AT2G45560は遺伝子名ですから、同じ遺伝子が複数個体で読まれたものだったり、同じ個体のゲノムDNA配列とRNAを逆転写したcDNA配列の2通りや、さらにはスプライシングバリアントも含めて3通りで登録されたりすれば複数のGenBankエントリとなり、複数のGenBank IDとアクセッション番号を有することになります。 同じ個体由来のゲノムDNAでも、別の機関で別の方が登録して複数エントリになる場合もあります。

(無題) 削除/引用 No.4611-3 - 2015/11/26 (木) 19:12:43 - へたれ 橘　様 ありがとうございます。 そうですね。アクセッション番号でした。 では、「At2g45560」がアクセッション番号で間違いないでしょうか？ 「At2g45560」に対する配列がいくつか存在するのはなぜでしょうか？ 発見した配列に対して、アクセッション番号を取得するという認識でしたのですが、この認識が間違っているのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.4611-2 - 2015/11/26 (木) 18:57:01 - 橘 GenBank IDは数字です。アルファベット数文字とそれに続く数字はGenBank IDではなく、INSDで共通のアクセッション番号です。 GenBank IDはGenBankのみで通用するIDですが、アクセッション番号はEMBLやDDBJと共通です。

GenBank ID 削除/引用 No.4611-1 - 2015/11/26 (木) 18:12:21 - へたれ ごくごく、初歩的な質問ですみません。 Gen Bank IDというのは、「アルファベット2文字+数字」で構成されているという決まりではないのでしょうか？ At2g45560というのはGenBankIDではないのでしょうか？ （これはシロイヌナズナのCYP76C1です。） At2g45560という配列が何種類かあり、混乱しています。 シロイヌナズナのCYP76C1はすべてAt2g45560と付けられて、発見された配列ごとにGenBankIDが与えられるのですか？ ご教授いただけますと幸いです。

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