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(無題) 削除/引用 No.4595-4 - 2015/11/18 (水) 17:04:53 - t-t 橘 様 迅速にご回答いただきありがとうございます． 1座位当たりの置換数は大きくても0.3前後でした． あまり影響のある問題ではなかったのですね． ありがとうございました．

(無題) 削除/引用 No.4595-3 - 2015/11/17 (火) 16:37:21 - 橘 なお、塩基置換の飽和に関しては、それほど気にするような問題ではないです。 長さ(1座位当たりの置換数)が0.5を超える枝があるとか、そういうレベルでない限り系統樹推定に大した影響はありません。

(無題) 削除/引用 No.4595-2 - 2015/11/17 (火) 16:34:17 - 橘 pgspliceseq 3-.\3 inputalignment outputalignment です。 なお、ターミナルでは\が特別な意味を持つので、3-.\3をクオートして下さい。 これは、「3塩基目から最後の塩基までのうち、3塩基ごとに(=2塩基飛ばしで)切り出す」という意味です。

第三コドンの切り出し 削除/引用 No.4595-1 - 2015/11/17 (火) 15:31:53 - t-t いつもお世話になっております． 系統樹を描くために, 第三コドンが飽和しているか調べたいのですが, 塩基配列のデータから第三コドンのみを切り出す方法をご教授ください． Phylogearsでできると聞いたことがあるのですが, どのコマンドを使うべきなのかわかりません． どうぞよろしくお願いいたします．

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