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相対値の統計処理について トピック削除
No.4589-TOPIC - 2015/11/13 (金) 13:23:52 - ぬ
いつも大変勉強させて頂いております。

このたびは統計処理について疑問に思うことがありましたのでご質問させてください。

実験系は、siRNAを用いてある遺伝子をノックダウンした際における、matrigel invasion assayによる浸潤能評価です。

例として以下のような生データがあったとします。数字は浸潤した細胞数を表しています。今回は別日に合計3回の実験を行っています。
siCtrl siGeneX
140 76
240 122
360 201
例えばこれをウェルチのt-testを用いて検定するとp=0.21となります。

しかし、これをsiCtrlを１としてsiGeneXを相対値で表すと、
siCtrl siGeneX
1 0.54
1 0.50
1 0.56
となり、これは有意差があるように見受けられます。

今回お聞きしたいのは、２つございます。
1つ目は、このようにエラーバーが付かない形での相対値で表すことはどうなのか。
2つ目に、このような相対値で表した場合はどのような検定を用いるのか。（例えば、paired t-testは使えるのか）

個人的な見解として大事なのは、それぞれのアッセイでの比較なので、
相対値で表すことに問題はないと思います。しかし、それに対する検定法に悩んでいます。
paired t-testが使えれば良さそうですが、これは同じ標本で使うものですよね？
今回は同じセルラインから同じタイミングで播種しているので標本的にはすごく近いとは思うのですが、完全に同一なわけではありませんし。

上記旨、何卒宜しくお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.4589-5 - 2015/11/13 (金) 14:46:09 - おお
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/0471140864.psa03gs21/abstract
前のコメントの文献はたぶんこれかと。ちょっと今中身が見れませんけど。

(無題) 削除/引用
No.4589-4 - 2015/11/13 (金) 13:59:46 - おお
pairedやlog ratio pairedを使うときは相対値でなく細胞数をほりこんだ方がいいような気がします。differenceを評価するので。ただlog ratioだと相対値のpairedとおぼいっしょかなぁ。。。ちょっと細かい計算手法までは把握してません。

(無題) 削除/引用
No.4589-3 - 2015/11/13 (金) 13:54:48 - おお
paired tがつかえるのはwhen there is one measurement variable and two nominal variables.

http://www.biostathandbook.com/pairedttest.html

浸潤した細胞数=measurement variable
Control siRNA or test siRNA=nominal variable A
Experiment A, B, C=nominal variable B

(無題) 削除/引用
No.4589-2 - 2015/11/13 (金) 13:40:09 - おお
paired t testはつかえるとおもいます。あるいはlog ratio pairedとか。current protocolの何かのシリーズでオートラの毎回radio activeが一定してないとかexposureが一定でないようなれいで両者の使用の紹介があります。ちょっといまどれだったか探しきれませんけど。

統計的理論に不安があるばあいはcontrolを1とか100%とかにしてone sample t-testでもいいでしょう。最近はcontrolを1などとして計算できる場合はたいていこれで私はやっています。
http://graphpad.com/quickcalcs/OneSampleT1.cfm

相対値の統計処理について 削除/引用
No.4589-1 - 2015/11/13 (金) 13:23:52 - ぬ
いつも大変勉強させて頂いております。

このたびは統計処理について疑問に思うことがありましたのでご質問させてください。

実験系は、siRNAを用いてある遺伝子をノックダウンした際における、matrigel invasion assayによる浸潤能評価です。

例として以下のような生データがあったとします。数字は浸潤した細胞数を表しています。今回は別日に合計3回の実験を行っています。
siCtrl siGeneX
140 76
240 122
360 201
例えばこれをウェルチのt-testを用いて検定するとp=0.21となります。

しかし、これをsiCtrlを１としてsiGeneXを相対値で表すと、
siCtrl siGeneX
1 0.54
1 0.50
1 0.56
となり、これは有意差があるように見受けられます。

今回お聞きしたいのは、２つございます。
1つ目は、このようにエラーバーが付かない形での相対値で表すことはどうなのか。
2つ目に、このような相対値で表した場合はどのような検定を用いるのか。（例えば、paired t-testは使えるのか）

個人的な見解として大事なのは、それぞれのアッセイでの比較なので、
相対値で表すことに問題はないと思います。しかし、それに対する検定法に悩んでいます。
paired t-testが使えれば良さそうですが、これは同じ標本で使うものですよね？
今回は同じセルラインから同じタイミングで播種しているので標本的にはすごく近いとは思うのですが、完全に同一なわけではありませんし。

上記旨、何卒宜しくお願い致します。
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