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SDS-PAGEで、分離と濃縮ゲルの境目にバンド トピック削除
No.4550-TOPIC - 2015/11/04 (水) 10:37:03 - m
ウエスタンブロットのSDS-PAGEで、分離ゲルと濃縮ゲルのちょうど境目に
タンパク質がたまって、アグってるようにみえるのは、
サンプル変性が足りないのでしょうか?(サンプルバッファーを加えた後のボイル時間など)
それとも単にロードしたタンパク質量が多すぎる、オーバーロードの可能性が高いのでしょうか?
 
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No.4550-5 - 2015/11/04 (水) 22:28:28 - ウェスタン乙
てか、そのくらい大きな蛋白質(or なんかの原因で重合してSDS可溶性であるけども巨大な凝集体を形成してるとか、ポリユビキチン化とかでの修飾で高分子量化してるとか、そういう可能性も含めて)なのかもしれません。なので失敗とかじゃなくて、それが本当の姿なのかもしれませんし、重合やユビキチンやユビキチンの親戚による翻訳後修飾の結果、実際にそのような泳動パタンを示す事はしばしばあります。濃縮ゲルは通過してるのですから、一応SDSで可溶化は出来てるのだとおもいます。でなければ、wellの底のあたりで止まるので。膜貫通型蛋白質など疎水性の高い傾向にある蛋白質の場合、加熱処理するとSDS存在下でも凝集してしまうことがたまにあり、SDSによる可溶化が不完全になってそんな感じになりますが、この場合は濃縮ゲルやwell の底にもスメアなシグナルが出ることが多いです。なのでblottingでは分離ゲルだけでなく濃縮ゲルも切り離さずに一緒にblottingした方がいいとおもいます。分離分析や精製では、捨ててたところに大事なものがあったということはわりとしばしば経験するので。

(無題) 削除/引用
No.4550-4 - 2015/11/04 (水) 12:55:09 - 独り言
そもそもどのようなサンプルなんですか?

(無題) 削除/引用
No.4550-3 - 2015/11/04 (水) 12:44:43 - おお
くわえて、それはとくていのたんぱくだけにおこるのですか?

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No.4550-2 - 2015/11/04 (水) 11:47:38 - おお
オーバーロードきにしてるのなら、ゲルのサイズ、あつさ、wellのおおきさと、ロードしたサンプルのりょうぐらいかいたらとおもいますが。

SDS-PAGEで、分離と濃縮ゲルの境目にバンド 削除/引用
No.4550-1 - 2015/11/04 (水) 10:37:03 - m
ウエスタンブロットのSDS-PAGEで、分離ゲルと濃縮ゲルのちょうど境目に
タンパク質がたまって、アグってるようにみえるのは、
サンプル変性が足りないのでしょうか?(サンプルバッファーを加えた後のボイル時間など)
それとも単にロードしたタンパク質量が多すぎる、オーバーロードの可能性が高いのでしょうか?

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