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ウエスタンで非特異的バンドが同じ高さに出現 トピック削除
No.4549-TOPIC - 2015/11/03 (火) 06:23:32 - KT
いつも勉強させて頂いています。

あるたんぱく質(だいたい15kDa)のノックアウトマウスをすでに作製してあります。
この蛋白にfamily memberが存在するため、もっとも似ていない部位であるN末端から25アミノ酸を抗原としてGST fusion proteinをラビットに注射して抗体もすでに作成してあります。この抗体では、他のfamily memberは認識しないのを確認しています。

この自作の抗体でウエスタンブロットをWT, KOを行うと、予想に反してターゲットと思われる高さ(15kDa)に同じ太さでバンドが現れます。自分での抗体精製の仕方が悪いと判断し、N末端から125アミノ酸を抗原とした抗体(family memberを認識します)でウエスタンブロットをしても同じ結果でした。そこで、他のfamily memberのC末端の20アミノ酸を認識する抗体を用いましたが、標的のたんぱくを認識せず、次に、他のfamily memberの中央部位の20アミノ酸を認識する抗体で試しましたが、やはりWT, KOとも同じ太さのバンドを得てしまいます。

ノックアウトマウスではmRNAレベルでは発現がまったくありませんし、exon 1-4までをloxPで削ったfull knockou mouseですので、このようにたんぱくレベルでWTとKOで差がないことは全く予想しておらず、実験が進まずとまどっております。

何かいい解決策があればと思い、書かせて頂きました。
よろしくお願い致します。
 
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ありがとうございます 解決済み 削除/引用
No.4549-10 - 2015/11/03 (火) 19:13:27 - KT
たていすさん、ありがとうございます。

protein blastで調べますと、同じサイズぐらいのたんぱく群が9/12 (75%)一致でひっかかってきます。他は怪しいたんぱくはありません。もしかしたら、これらのたんぱくを認識しているのかもしれません。もしそうなら、KO組織でのpreabsorptionでウエスタンの結果がましになるのではと考えております。
抗体は、まず2段階で精製しました。GST columnのflow throughをGST-25aa columnで精製しました。ところが、GST-25aa columnで精製してもなかなかうまくworkしないため、現在は、GST columnのflow throughを使用しています。この抗体では、GST-25aaとGST単独の両方を認識します。
細胞実験では、この抗体の特異性を市販の抗体と比べています。そのときに、GST-25aaを30ug/ml, 100ug/mlの2段階で自作の一次抗体と反応させてimmunofluorescenceをしています。自作の抗体はターゲットのたんぱくを認識するのは間違いないと思っています。

(無題) 削除/引用
No.4549-9 - 2015/11/03 (火) 18:28:14 - たていす
N末端から25アミノ酸抗体は
1)他のファミリーのタンパクを認識しないことを確認した。
2)ところがWBすると、WTとKOで共にWTらしい15kDaが検出される。

25aaの配列は、そのタンパクにしか見いだせないのか、protein blastで調べてみました?
N25抗体でGST-25aaとGST単独をブロットするとどうなるのかな?
抗体の精製方法はどのようにしましたか?

ありがとうございます 削除/引用
No.4549-8 - 2015/11/03 (火) 18:22:18 - KT
たくさんのコメント、ありがとうございます。

APさん、
ノックアウト組織での抗体前吸収は、いい案だと思います。
アセトンパウダーで組織を準備したあと、どれぐらいの量を抗体に混ぜるかは試行錯誤するしかないのでしょうか。
私が考えていた抗体前吸収の方法は、ノックアウト組織でlysateを作成してからfinal protein lysate 100ug/ml, antibody 5ug/mlでovernight icubation。それをウエスタンの一次抗体として今週トライしようと思っていました。
おおさん、
抗体濃度は、1:100, 1:500, 1:1000と段階的に希釈したのみで、最終的には1:500で使用しています。もう少し薄めの濃度で条件を振ってみたいと思います。
bufferもいろいろなのを試してみたいと思います。
みさん、
cell lineでも試しています。正常細胞、がん細胞(これらの細胞では発現量がかなり少ないです)、このたんぱく発現が多い細胞と試しました。siRNAも3つ試しましたが、overexpressionしたものをknockdownはできるのですが、endogeneous expressionはやはりnonspecific bandが重なるため、knockdownをたんぱくレベルでは確認できていません。qPCRでは確認できるのですが。
独り言さん、emaさん
そうです、WTとKOで差が出やすそうな組織でimmunofluorescenceで確認したのですが、WTとKOでの染色の差を証明するのは現状では大変そうです。

他の手法も 削除/引用
No.4549-7 - 2015/11/03 (火) 17:10:11 - ema
タンパク発現を主眼にしているなら、Westernではなく2次元で泳動するとか組織染色も視野に入れて検討してみてはいかがでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.4549-6 - 2015/11/03 (火) 15:54:14 - 独り言
ファミリーメンバーがあるということは、それぞれがある程度組織特異的な発現とかしないんですかね。目的の遺伝子が特異的に発現している組織があれば、KOが見える組織があるかも。

(無題) 削除/引用
No.4549-5 - 2015/11/03 (火) 13:05:37 - み
細胞分画でもしてみたら

(無題) 削除/引用
No.4549-3 - 2015/11/03 (火) 09:48:20 - おお
APさんのおっしゃるように非特異を吸収してしまうのがstraight forwardではないかと思います。やり方はいろいろあるかとはおもいますけど。

それとは別に、抗体の濃度などは検討したのでしょうか?いろいろなプロとコールをみているとTBSTやPBSTのほかにpH8-8.5のバッファーであったり塩濃度がsalineの二倍程度あったりするバッファーを使っているものも見かけます。Tweenの代わりにTX-100やNP-40を使ってもかなりバックが落ちることがあります。

(無題) 削除/引用
No.4549-2 - 2015/11/03 (火) 09:18:53 - AP
ノックアウトマウス組織のアセトンパウダーを作って、抗体を前吸収して使う。

ウエスタンで非特異的バンドが同じ高さに出現 削除/引用
No.4549-1 - 2015/11/03 (火) 06:23:32 - KT
いつも勉強させて頂いています。

あるたんぱく質(だいたい15kDa)のノックアウトマウスをすでに作製してあります。
この蛋白にfamily memberが存在するため、もっとも似ていない部位であるN末端から25アミノ酸を抗原としてGST fusion proteinをラビットに注射して抗体もすでに作成してあります。この抗体では、他のfamily memberは認識しないのを確認しています。

この自作の抗体でウエスタンブロットをWT, KOを行うと、予想に反してターゲットと思われる高さ(15kDa)に同じ太さでバンドが現れます。自分での抗体精製の仕方が悪いと判断し、N末端から125アミノ酸を抗原とした抗体(family memberを認識します)でウエスタンブロットをしても同じ結果でした。そこで、他のfamily memberのC末端の20アミノ酸を認識する抗体を用いましたが、標的のたんぱくを認識せず、次に、他のfamily memberの中央部位の20アミノ酸を認識する抗体で試しましたが、やはりWT, KOとも同じ太さのバンドを得てしまいます。

ノックアウトマウスではmRNAレベルでは発現がまったくありませんし、exon 1-4までをloxPで削ったfull knockou mouseですので、このようにたんぱくレベルでWTとKOで差がないことは全く予想しておらず、実験が進まずとまどっております。

何かいい解決策があればと思い、書かせて頂きました。
よろしくお願い致します。

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