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ありがとうございます 削除/引用 No.4521-5 - 2015/10/25 (日) 11:31:17 - BR ペ◯ス様 コメントありがとうございます！まったくご指摘の通りだと思いました。 おお様 詳しく的確なコメントを頂きありがとうございます！ご紹介いただいた免疫染色を見ると、セルラインの違いでもOGG1のlocalizationが少し違うようにも見えるので、細胞によっても結構違うのでしょうね。その後見つけた下記のBMDCを使った論文では、 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23685454 "Specifically, for genes that have multiple splice isoforms at the population level, individual cells predominantly expressed one particular isoform."と書かれていたのでBMDCの場合は一つのisoformに偏りやすいのかなと思いました。 このような質問に丁寧にお答えいただき本当にありがとございました、大変勉強になりました<m(__)m>

(無題) 削除/引用 No.4521-4 - 2015/10/25 (日) 08:15:38 - おお http://www.molbiolcell.org/content/10/5/1637.full.pdf+html OGG1というDNA repairに関する遺伝子なんですが、これを含めて核のDNA repairに関する遺伝子のいくらかは、alternative splicingなどでmitochondria移行シグナルをもったものが発現されるようです。 OGG1の免疫染色で一つの細胞で核とミトコンドリア両方で染まっているというのをみると、一つの細胞で両方のisoformが発現しているのがわかるかと思います。 http://www.proteinatlas.org/ENSG00000114026-OGG1/antibody

(無題) 削除/引用 No.4521-3 - 2015/10/25 (日) 07:26:04 - おお じっさいは既に指摘があるような実験で確認するのが確実かと思います。あるいはバリアントスペシフィックな抗体を使えばわかるでしょうし、実際そう言う抗体をつかった実験は探せばあると思いますが、ちょっと私の記憶に具体的なものがないですね。。。 ただし幾らかの実験結果は間接的に、alternative splicing productsが共存していることを示しています。 たとえば核抽出タンパク質を使ってsplicing反応がさいげんできます。そのスプライシングの反応でalternative splicing productsが共存していることはよくあります。それにalternative splicingを制御しているタンパク質を加えたりすると、alternative splicing productsの比がシフトしますが、完全にどっちかのproductsがなくなるとかはまず、起こりません。核の中のスプライシングに関与するタンパク質活性を再現しているなら細胞の中でもそう言う結果になるだろうと推察できます。 またその様なin vitroの実験でsplicing制御のメカニズムが研究されていますが、そのメカニズムは片一方がonになったらもう一方が完全にoffになるという結果に必ずなるということを指示していません。 splicing isoformがNMDで分解される場合、NMDで分解されるisoformしか発現しないか、あるいは分解されないで蛋白をつくるisoformしか発現しないような状況であれば、免疫染色をするとNMDを誘導した方では、染色された細胞でのintensityは変わらないが、染色されない細胞数が増えることになりますが、もしそう言うのが見つかっていたなら結構話題になると思います。ただいまだそう言うのはきいたことがないです。 大抵splicing variantはそう言う意味で共存しているだろうと考えられてますが、いくらかの遺伝子ではalternative splicingの制御がかなりタイトでほかのvariantが見られないような細胞群があるのは確かです。

(無題) 削除/引用 No.4521-2 - 2015/10/25 (日) 05:59:05 - ペ◯ス 1-cell pcrやって、アンプリコンのシークエンスすれば一発で答えは得られますよね。

単一細胞内での選択的スプライシングについて 削除/引用 No.4521-1 - 2015/10/25 (日) 05:28:35 - BR 基本的な質問で恐縮ですが、一つの遺伝子に複数のsplice variantの存在が知られている場合、その遺伝子を発現するsingle cellの中には複数のsplice variantのタンパクが発現するものでしょうか？それとも、細胞一個につき一つのsplice variantが発現すると考えられるでしょうか？ ややこしい質問で申し訳ありませんが、どなたかお知恵を貸して頂けると幸いです。

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