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(無題) 削除/引用 No.4479-5 - 2015/10/14 (水) 11:00:15 - 林 橘様 丁寧にわかりやすく教えていただき感謝いたします PTPを適用する場合も，アウトグループかreference treeを使って系統樹を作成した方がベターなのですね ご回答いただきありがとうございます

(無題) 削除/引用 No.4479-4 - 2015/10/13 (火) 18:42:26 - 橘 系統関係が高精度にわかっている、の定義は人ぞれぞれなので、どの程度を要求するかは何とも言えません。 系統関係そのものが議論の対象であれば、できるだけ多くの種で2桁以上の遺伝子座、10kbp以上の長さのデータで系統樹推定した結果が欲しいところです。 今回の場合はアンプリコンシーケンスデータからのグループ数の推定ですから、そこまでの必要はないでしょう。 COIなら、全目の全科から数種ずつサンプリングして、アンプリコンを100%カバーする領域をより長くサンガー法で解読したデータで系統樹推定、というのが文句の出ないレベルです。 ただそれが難しいようなら、各OTUの代表配列の系統樹をreferenceに使うのもしょうがないですね。 そこを容認してくれるかどうかはレフリー次第だと思います。 そもそも97%や95%でクラスタリングしたOTU数だけで容認されている現状、EPA-PTP法によるグループ数が必要かどうかも疑問なので、併記しておけばいいんじゃないかと思います。 通常のPTP法を適用する場合も、アンプリコンシーケンスデータのみから系統樹を作成してよいかはやはりレフリー次第でしょう。 キメラ配列とノイジー配列の除去がなされてさえいればグループ数の議論に使うだけならいいんじゃないかと思いますが、系統関係を議論するとほぼ確実に却下されるかそこを修正しろと言われると思います。

(無題) 削除/引用 No.4479-3 - 2015/10/12 (月) 19:41:53 - 林 橘様 回答ありがとうございます 論文を読んで不明瞭な箇所があったのでまた答えて頂けたら幸いです 私の研究では、COIのアンプリコンシーケンスデータに含まれるグループ数の推定を行おうとしています EPA-PTPを使う場合 論文中に、サンガーシーケンサーから得られたCOI配列のMOTUsをreference treeとして使うとありますが、これが系統関係が高精度にわかっているということでよろしいでしょうか このとき、サンガー配列ではなく得られたCOIのアンプリコンシーケンスデータのMOTUsを代わりにreference treeとして使っても良いのですか また、EPA-PTPの方法では、アウトグループかreference treeを使って系統樹を作るとありますが、 通常のPTPを使う場合には、得られたアンプリコンシーケンスデータのみから系統樹を作成して良いのでしょうか よろしくお願いします

(無題) 削除/引用 No.4479-2 - 2015/10/09 (金) 22:02:53 - 橘 PTP法(に限らずSpecies Delimitation法)で推定されるのは種(と言えるかどうかよくわからない何らかのグループ)の境界であって、グループではない。 論文は2つの方法を含んでおり、1つは与えられた系統樹からグループの境界を推定し、含まれるグループ数を明らかにする(PTP法。通常のSpecies Delimitation)。 もう1つは、予め大量の塩基配列を用いて系統関係が高精度にわかっている(既知のreference treeが存在する)分類群を対象に、メタゲノム由来の16S領域などの大量の断片的配列(論文中のquery sequenceとはこれのこと)のreference tree上の位置を明らかにし(既報のEvolutionary Placement Algorithmを使う)、各断片配列をreference treeに接ぎ木した上でPTP法によって含まれるグループ数を明らかにする(EPA-PTP法)。 これら2つの方法を区別できていないようですね。 あなたがやりたいのは手元にある系統樹を用いたSpecies Delimitationなのか、手元にある16Sなどのアンプリコンシーケンスデータに含まれるグループ数の推定なのかどっちでしょうか。 前者であればPTP法、後者であればEPA-PTP法が使えます。 あとは論文ちゃんと読んで自分で考えてください。 特にイントロと引用文献。

進化系統樹の作成について 削除/引用 No.4479-1 - 2015/10/09 (金) 12:57:48 - 林 お世話になっております． RAxMLを用いて最尤系統樹を作成し，Poisson Tree Process(PTP)モデルによって種を推定しようとしています． PTPの開発論文 (Zhang et al. 2013)によると， 「正しく種を推定するためには正確な有根系統樹が必要であり，RAxMLのconstraintオプションを使ってクエリ配列の有根系統樹を得た．constraint系統樹はbifucating（2鎖分岐）のリファレンス系統樹からなる」 とありました． しかし，constraint系統樹をどのように作るのかが分かりませんでした． constraint系統樹作成に使われるDNA配列とクエリ配列は，分類学的にはどういった関係なのでしょうか．同じ種，もしくはアウトグループ？ また，その配列はどこから調達するのでしょうか． ご存知であれば教えていただけないでしょうか．

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