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(無題) 削除/引用 No.4441-5 - 2015/10/11 (日) 20:20:54 - t-t 大変失礼しました． 大きな勘違いがあったようです． baseMLでは結果がどうにも出ないので,教えていただいたほかの方法を試してみようと思います． ありがとうございました．

(無題) 削除/引用 No.4441-4 - 2015/10/08 (木) 01:51:13 - 橘 clock=0でどうやって分子進化速度を推定するおつもりですか? 系統樹を作成してからr8sのNPRS法・PL法やMEGAのRelTime法でも当てはめるんでしょうか。 ともかくclock=0で樹形固定での枝長の推定ができればいい、ということでしたら、method=1にしてみてください。 もしくは、RAxML・IQ-TREEなどの他のプログラムを使ってもいいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.4441-3 - 2015/10/07 (水) 23:18:38 - t-t 回答ありがとうございます． clock=0で行っています． 種数を20〜80の間で変えてみてもうまくいきません． 複数の科を用いているため,進化速度一定はできれば仮定したくありません． この場合何度も挑戦するしかないのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.4441-2 - 2015/10/01 (木) 18:19:04 - 橘 clock=1(進化速度一定を仮定して枝長≒速度を推定)にしたってことでしょうか。 clock=1は数値最適化が難しいので、計算に時間がかかったり、収束しなかったりします。 計算が終わらないなら、とりあえず待つか、データを増やすかしてみてください。 進化速度一定を仮定して問題ないデータにおいて進化速度を計算したいだけであれば、ML系統樹をr8sに与えてLF法を当てはめるという方法や、MEGAのRelTime法を当てはめる方法もあります。

BaseMLによる進化速度の推定について 削除/引用 No.4441-1 - 2015/09/25 (金) 18:53:50 - t-t いつもお世話になっています． 魚類の分岐年代推定を行いたいと思っており,pamlのBaseMLを使って 進化速度を出そうと思っているのですが, 「check convergence..」 と出てしまい,一向に結果が出ません． fixαを0.5に設定している以外はpamlXのデフォルトの状態で行っています． 種数は20種に絞っています． どうすれば進化速度を出すことができるのでしょうか． どうぞご教授ください．

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