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(無題) 削除/引用 No.4417-3 - 2015/09/14 (月) 09:57:35 - yuu APさま どうもありがとうございます。 ご指摘通り、ゲノム編集で二重鎖切断を起こさせたところに相同組換え修復を利用してネオマイシン耐性遺伝子を含むベクターを挿入致しました。 その際、挿入後にシーケンスで配列を確認したのですが、 特に欠失は認められておりませんでした。 今回、Creによる切り出し後に、 ゲノム上にloxP配列が無く、切り出し部位周囲に欠失ができておりました。 上記が通常起きることなのか分からず、解釈に迷っております。 どうぞよろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.4417-2 - 2015/09/14 (月) 09:31:17 - AP loxPの組換え、ネオマイシン耐性遺伝子の切り出しを行う前はゲノム配列の欠失はなかったんですか？ ゲノム編集で二重鎖切断を起こさせたところに相同組換え修復を利用してベクターを挿入したのなら、欠失を伴うことは稀ではないと思いますが（一種の修復エラー）。

Cre/loxPシステムでの選択マーカー除去後の配列について 削除/引用 No.4417-1 - 2015/09/14 (月) 09:25:45 - yuu いつも色々と参考にさせて頂いております。 Cre/loxPシステムでの選択マーカー除去後の配列についての質問です。 現在、loxPに囲まれたネオマイシン耐性遺伝子をゲノム編集で挿入されている細胞において、 CREを発現させて、loxPに囲まれたネオマイシン耐性遺伝子を除去する実験をしております。 Cre発現後に、シーケンスで、ネオマイシン耐性遺伝子が有った場所の、除去後の配列を確認したところ、 ネオマイシン耐性遺伝子は除去できていたのですが、元々のゲノムに30bpほどの欠失が認められました。 Cre/loxPシステムを利用するのは初めてなのですが、 元々のゲノムにも欠失ができるのは通常起こることなのでしょうか？ これまで、論文等の図を見ていて、Creによる切り出し後もどちらか片方のloxP配列は残るものかと思っていたので、 今回得られた結果の解釈が分からず、質問させていただきました。 どうぞよろしくお願い致します。

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