お世話になります。
いつも勉強させていただいております。
初めて行ったChipの結果の解釈について教えてください。
明日転写因子Aが候補ターゲットBに直接の結合をすることを確認する目的でChipを行いました。
型のごとく，転写因子A・ポジコンヒストンH3・ネガコンマウスIgG抗体で免疫沈降した後に，候補ターゲットBとコントロールとしてRPL30のプライマーでrealtimePCRを行いました。
結果としては候補ターゲットBおよびRPL30ともに，IgG抗体で落としたものは，Ct値が大きく，ヒストンH3で落としたものはCt値が小さくなりました。
またinputサンプルでは候補ターゲットBならびにRPL30ともにCt値が小さく，希釈とともにCt値が増加しました。
以上から，実験としてはうまくいっているものと考えました。
そこで質問ですが，
今回の目的である転写因子Aが候補ターゲットBと直接結合することを結果として示すには以下のどちらが正しいのでしょうか？
@転写因子A・IgGでそれぞれ落としたサンプルを候補ターゲットBでrealtimePCRをかけたCt値の比較（inputに対する％として）
A転写因子Aで落としたサンプルを候補ターゲットAまたはRPL30でrealtimePCRをかけたCt値の比較（inputに対する％として）
頭が混乱し，よくわからなくなったのですがご教授いただけますと幸いです。
よろしくお願いします。 |
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