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(無題) 削除/引用 No.4351-5 - 2015/08/20 (木) 13:58:31 - asan 最近の次世代シーケンサーの流れでそういう解析から癌ゲノムのエボリューションを扱う論文はありますよ。例えば、 Genetic and Clonal Dissection of Murine Small Cell Lung Carcinoma Progression by Genome Sequencing Cell, 156: 1298-1311, 2014. ただし、自分は基礎系なので詳しく分かりませんけど、普通は腫瘍の組織学的な見た目？から何処由来とかそういうのはザックリ決めたりするみたいですね。一般的な癌組織の病理解析でもそれですね。後は、原発腫瘍は進行が早かったりするので、分かるとか？でしょうか。でも、「原発不明」とかもあるみたいですね。 結局、何処まで厳密に決める必要があって、その結果自体を成果としたいのか、それから何か研究を発展させたいのかとかにもよるんではないかと思います。また、有名なマウス発ガンモデルだと、何時ぐらいにどの組織で癌ができやすいとか既に情報があるので、アンバイアスにやるまでもなくある程度予測できてはしまう気がしますね。 統計的に発現プロファイルとかを大規模にやるにしても結構体力（金）と、情報処理能力が問われるので、この手の研究はチームでやってる論文が多い気がします。

(無題) 削除/引用 No.4351-4 - 2015/08/20 (木) 12:53:06 - おお まず、primaryの場所ならいきなりメタの能力を もった細胞が現れる前に初期の段階のものが現れるだろうから、組織をしっかり観察すれば、しぼれてくるんじゃないかなぁ。 あとヒトでprimaryではなくいきなりメタがみつかって、そのprimary siteがわからないと治療指針がたてられないようなので、特定するためにいろいろ工夫がされているようです。でこれが場合によってけっこう難しいようで、非常に未分化型になるとどこ由来かわからないってこともあるようです。 細胞のタイプ、見つかったメタの組織から考えて経験的に可能性のあるルートや細胞のタイプなどからわりだすようですが、、、 直接の解答ができませんけど、Cancer of Unknown Primaryなどで文献をさがして、基礎的な研究がないか探してみるといいかもしれません。 ttp://www.cancer.org/cancer/cancerofunknownprimary/detailedguide/cancer-unknown-primary-cancer-of-unknown-primary ttps://en.wikipedia.org/wiki/Cancer_of_unknown_primary_origin

(無題) 削除/引用 No.4351-3 - 2015/08/20 (木) 09:23:40 - tt Tissue of origin test?

(無題) 削除/引用 No.4351-2 - 2015/08/20 (木) 09:04:27 - col p53のようなガン抑制因子でしょうか？ とすると、Primaryながん組織はどこでもできそうなものですね。 転移だと考えるほうが自然なのであれば病理組織をチェックして、腺癌ぽいとか、上皮系なのかとか、形態学的には評価可能（マウスのがん組織見たこと無いので適当な提案です）。ある程度のあたりは付けられるかも。 ご自身の観察結果から、原発巣があって、それの転移という考え方でその原発巣がただひとつと言うストーリーが考えやすいのであれば何匹分かの全身病理組織とって、必ず腫瘍組織が見いだされる組織がPrimaryじゃダメですか？

Tissue signatureについて 削除/引用 No.4351-1 - 2015/08/19 (水) 14:43:49 - TSK 正常組織がガン化したとしてもある程度は元来の組織の遺伝子発現パターンは保存されていることも少なくないと思います。 私が扱うinducibleなグローバル遺伝子操作マウスが自然発生的に組織に腫瘍塊を作っています。その場所は肺であったり肝臓だったりと様々です。ただ、これがprimaryな腫瘍なのか、二次的なもの（転移によるもの）なのかが判断できません。 私の興味は、この腫瘍の元々の組織はどこだろうか？ということです。 この腫瘍塊がモノクローナルな細胞から発生したと仮定した場合、RT-PCRによって元来の組織を予想することはできるのではないか？と考えています。組織特異的な抗体を揃えるほど経済的な余裕はありませんが、例えば組織特異的な遺伝子を網羅的に見て、たとえばアルブミンが高発現していたのなら、ガン化したのは肝細胞なのではないか、だとしたらグローバルではなく、肝細胞特異的に遺伝子操作をしたら肝癌の自然発生のモデルマウスになる得るのはとなりますし、 その遺伝子欠損をアルブミンCreで肝臓特異的に飛ばしてみるという今度の方針も見えてきます。 そういった組織特異的な遺伝子発現signatureを調べて、そこから掘り下げていった論文などご存知ないでしょうか？ これまで正常組織ばかりを扱っており、癌を対象にするのはそれほど経験があるわけではありません。アイデアだけはあっても、それが実行可能かどうかは論文次第になるため、もしそのような論文をご存知でしたらご教示いただけますと幸いに存じます。

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