Bio Technical フォーラム

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リアルタイムPCRのreplicateについて トピック削除
No.4312-TOPIC - 2015/08/03 (月) 12:06:35 - ゆう
いつも拝読し勉強させていただいております．
過去のトピックでも分からなかったので質問させてください．

現在，モデル植物ではない植物でリアルタイムPCRを行っています．
遺伝的背景が粗雑なため個体間のばらつきが大きいと言われています．
このような植物体でも1試験区あたりbiological replicate (n=3程度)を行うのでしょうか．


該当植物のほとんどの論文で

Triplicate experiments were performed.
The reactions were run in triplicate.

など記載され，
biological replicatesなのか分かりませんでした．
（一つだけ『three biological replicates』と明記した論文はありました）


これら論文の発現量グラフのS.D.は小さいため
Technicalなreplicateではないかと考えてしまいます．
もしTechnical replicateでグラフ化，有意差検定ができるのであれば
そちらの方がRNA抽出のキット代がだいぶ浮くので気になります．

ご教授のほど，どうかよろしくお願いいたします．
　
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(無題) 削除/引用
No.4312-8 - 2015/08/03 (月) 16:26:15 - ゆう
おお 様
ご親切に何度もありがとうございます，とても助かります．
確かにおっしゃるようなやり方と結果ならbiologicalでなくても説得力がありますね．
自分の実験でもまず個体間でどれぐらいばらつくのか調べてみます．

検定方法の選択も重要なのですね，そちらの方ももう少し勉強してみます．

今回初めて投稿させていただきました．
ご対応してくださった方々にお礼申し上げます．

(無題) 削除/引用
No.4312-6 - 2015/08/03 (月) 15:39:21 - おお
たとえば3個体でそれぞれtechnical replicateをとって、3個体とも処理群、未処理群などの比較で有意に発現が上昇しているとかいうのだったら、3個体のデーターをあわせてbiological replicateとしなくてもある程度説得力が出ます。符号検定というのがあって、それで有意差が出るという点で忠実にやるなら5個体とって、いずれの個体でも発現が上昇していたなら発現が上昇しないという帰無仮説が否定できます(まあこの検定法はバイオ関係ではほとんど使いません)。
それぞれの個体で未処理群で発現量がばらつくときはpaired T testなどを使うと感度が上がることもおおいです。

(無題) 削除/引用
No.4312-5 - 2015/08/03 (月) 15:32:18 - ゆう
おお 様
お教えくださり誠にありがとうございます．
ばらつきが大きくなった場合はn数を増やして対応することにします．

参考にしていた論文にtriplicateとしか記載されていないものも
biologicalなものと解釈すべきということですね．
アラビのような主流な植物ではないので例外的にtechnicalでもOKとかそういうものがあるのかと考え込んでいました．

seventh 様
お教えくださり誠にありがとうございます．
たしかに恣意的に選ぶことになってしまいますね…理解できました．
サンプル自体は1試験区あたり3以上の個体を確保しているので，
素直にRNA抽出しようと思います．

(無題) 削除/引用
No.4312-3 - 2015/08/03 (月) 15:17:43 - seventh
バイオロジカルレプリケートを取らなかった場合、恣意的にその個体を選んだと疑われても仕方ないです。

(無題) 削除/引用
No.4312-2 - 2015/08/03 (月) 14:15:34 - おお
どんな実験でどんな結論を期待しているのかでいろいろやり方が変わると思いますので、それを踏まえてn=3でばらつきが大きければもっと増やすのは当然の流れでしょう。

Technical replicateでグラフを書くのはかってですが、それだけでは結論を導けないでしょう。

リアルタイムPCRのreplicateについて 削除/引用
No.4312-1 - 2015/08/03 (月) 12:06:35 - ゆう
いつも拝読し勉強させていただいております．
過去のトピックでも分からなかったので質問させてください．

現在，モデル植物ではない植物でリアルタイムPCRを行っています．
遺伝的背景が粗雑なため個体間のばらつきが大きいと言われています．
このような植物体でも1試験区あたりbiological replicate (n=3程度)を行うのでしょうか．


該当植物のほとんどの論文で

Triplicate experiments were performed.
The reactions were run in triplicate.

など記載され，
biological replicatesなのか分かりませんでした．
（一つだけ『three biological replicates』と明記した論文はありました）


これら論文の発現量グラフのS.D.は小さいため
Technicalなreplicateではないかと考えてしまいます．
もしTechnical replicateでグラフ化，有意差検定ができるのであれば
そちらの方がRNA抽出のキット代がだいぶ浮くので気になります．

ご教授のほど，どうかよろしくお願いいたします．
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