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酵素A トピック削除
No.4309-TOPIC - 2015/08/02 (日) 13:48:23 - taniguchi
精製過程で酵素活性が落ちる要因というのは
1.bufferがあってない
2.組み替えタンパクに余計な配列がはいってる
3.硫安に弱い?ということはないと思いたい

これら以外に考えられる点というのはご存知ですか?
当方まだタンパク精製初心者であり、
ご助言いただければ幸いです
 
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(無題) 削除/引用
No.4309-5 - 2015/08/03 (月) 16:13:43 - Taniguchi
数多くのご助言ありがとうございます。
参考にしてみます。
まずは、現在、Tris bufferを使用していたのですが、HEPESに変えて酵素精製を行ってみようと考えています。

(無題) 削除/引用
No.4309-4 - 2015/08/02 (日) 15:23:58 - おお
N-末またはC-末が活性に重要で数アミノ酸削れてしまうっていうのもあるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.4309-3 - 2015/08/02 (日) 15:18:26 - おお
3.硫安に弱いというのはその前後で活性を測ればいいのでスペキュレーションに頼る必要はないとおもいますけど。

原因をうまく説明できないけど、精製時、後に活性を維持するためにアルギニンなどを加えておくと活性が維持できたという話もまあまああります。

あと考えられるのはco-factorなどが脱落するばあい。金属イオンやその他の分子が結合しているような場合は(もしかしたら、そう言うものが結合しているということがわかってないかもしれないけど)、精製を進めると同時に脱落していっている可能性があります。

また酸化などが進んでシステインが酸化されたり、SS結合をランダムに作ってしまったりする場合もあるかもしれません。安定化するためにDTTやb-meなどを加えることもありますが、もともとSS結合を持つ分子であれば(たとえば細胞外に分泌されるようなもの)では従来のss結合をきってしまう場合もあるかもしれませんので注意が必要かもしれません。

あとは構造の維持が難しい場合。理由がよくわからないですが、クルードな状態では比較的安定でも精製するとどうも活性が芳しくない場合、構造維持が関係するようなこともあるようです。よくBSAを加えて安定化するのもこのためかもしれません。疎水的な部分が露出したりしてアグリゲーションが起こったりするとかの可能性もあるかもしれませんがそう言った場合はdetergentも有効な場合があるかもしれません。

bufferがあってないっていうのはまああるかもしれませんが、それはそのバッファーでlysateを作ったりして比較検討すればある程度わかるのでは?
もちろん精製中はアルカリ性の方が安定性があるとかそう言ったことは場合によってはあるかもしれませんけど。

あと配列に何か加えた場合はどちらかというと精製時に活性を失うより最初からないことがたいていのような気がしますけど。

(無題) 削除/引用
No.4309-2 - 2015/08/02 (日) 14:34:52 - NM
どの精製ステップから活性が落ちるのでしょうか?
原因究明には、どこまで確認できていて、どこから確認できていないのかをはっきりさせることが大切ですよ。

書かれている通り、精製前に活性を確認できているが、精製後に活性が下がっているというのであれば、
1. 精製過程でpHの変化やイオン強度の変化によって、タンパク質が変性した
精製に硫安を使っているなら、その可能性もあります。
(500mM以上のNaCl存在下でないと凝集する試料を扱ったことがあります)
2. 活性の保持には、なんらかの補欠分子が必要だが精製によって失われた
(例:EDTAを添加したために金属イオンが外れる)
3. 逆に、活性を阻害するような分子が混入した
4. 精製過程でタンパク質の濃度が上昇して凝集した
(カラムに吸着するときに凝集することもあります)
5. 精製過程で試料の温度が上昇して変性した
(室温放置したbufferを使ってしまったなどのハンドリングのケアレスミス)
これ以外にもいくつか考えられます。
それと、2.組み替えタンパクに余計な配列がはいってる はこの場合関係ないですね。


crudeや粗精製でも活性が確認できていない場合は 2.組み替えタンパクに余計な配列がはいってる かもしれません。そもそもタンパクが発現していなかったという場合もそうですが、それ以上に様々な要因が考えられます。

酵素A 削除/引用
No.4309-1 - 2015/08/02 (日) 13:48:23 - taniguchi
精製過程で酵素活性が落ちる要因というのは
1.bufferがあってない
2.組み替えタンパクに余計な配列がはいってる
3.硫安に弱い?ということはないと思いたい

これら以外に考えられる点というのはご存知ですか?
当方まだタンパク精製初心者であり、
ご助言いただければ幸いです

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