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(無題) 削除/引用 No.4252-6 - 2015/07/08 (水) 20:20:07 - L NFkBやp38MAPKの阻害剤についてはあまり知らないのですが、私がこれまでにかかわった阻害剤の場合には、必ずしも王道があるとは言えないように思います。例えば、RAF-MEK-ERK MAPK経路の阻害剤の場合、経路に含まれる各タンパクそれぞれに複数の阻害剤が存在し、ノックアウトマウスもそろっています。第１世代のMEK阻害剤を使って今論文を投稿すれば、レフェリーに文句をつけられる可能性が高いですし、第２世代でも特異性についてコメントがつくリスクがあるので、第３世代あるいは臨床応用されている阻害剤を使う事がほとんどになっています。PI3Kの阻害剤についても似たような状況になりつつあり、第１世代の阻害剤を論文投稿用に使う機会はめっきり減りました。RAFの阻害剤の場合は、複数の阻害剤で共通してみられる現象から、臨床現場で注意すべき副作用が明らかになったりしており、基礎研究であっても複数の阻害剤を用いて検討した論文が結構あると思います。 p38MAPK阻害剤のSBはかなり昔からある阻害剤だと思うのですが、いまだにこれを使った研究が主流というのは、ちょっと驚きです。確かアイソフォーム特異的な阻害剤が複数、臨床試験にかつて乗っていたような記憶があるのですが、基礎研究では使われてないのでしょうか？　新規のアイソフォーム非特異的阻害剤もありそうですけどね。　 NFkB阻害剤については、本当に何も知らないので不確かですが、BAY11-7085についてちょっと調べた感じでは、IC50が結構高いようですね。なので、この阻害剤単独で積み上げられたエビデンスというのも、ちょっと心もとない感じがします。遺伝学的なアプローチを併用した方がよいのかな、という印象です。

(無題) 削除/引用 No.4252-5 - 2015/07/08 (水) 07:50:53 - Chip 論文で使用されている阻害剤を眺めてみますと、結構似たり寄ったりの場合が多くて、いわゆる阻害剤実験の王道が確立しているようにも見えますよね。 例えばp38MAPK: SB203580やNF-ｋB：BAY11-085などは良く見かけます。他にも同様の阻害剤はいくつもあると思いますが、多くの実験で共通した阻害剤が使用されている理由があるのでしょうか？引用しやすい、エビデンスを積み上げる、あるいは毒性などの非特異的反応の検証をはしおる（←実際は確認しますが）、など利己的な部分は見え隠れするわけですが。

(無題) 削除/引用 No.4252-4 - 2015/07/07 (火) 23:41:51 - L 例えば、MAPKのようなキナーゼを阻害する薬剤は、キナーゼ活性を阻害するだけである場合がほとんどです。しかし、物によってはキナーゼ非依存性の機能を併せ持つ場合があり、このようなケースでは阻害剤はそのタンパクの機能の全てを阻害する事になりません。もし、p38 MAPKがキナーゼ活性に依存しない機能を持っている場合は、阻害剤とsiRNAで異なる結果が得られるかもしれません。 また、阻害剤は短時間の処理（1時間以内）で効果を発揮する場合が多いですが、siRNAで目的タンパクをノックダウンするには、ある程度の時間がかかります。よって、短時間で機能阻害する必要があるような場合は、阻害剤を選択することになります。例えば、 細胞周期特異的 （たとえば細胞分裂 など）な機能を見たい時などは、細胞を同期して阻害剤処理する方が良いと思います。 余裕があれば、両方試して比較してみると、新たな発見があるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.4252-3 - 2015/07/07 (火) 23:41:30 - おお siRNAなどであれば、siRNA resistant なtargetを発現することで説得力があるデーターにすることはできますね。

(無題) 削除/引用 No.4252-2 - 2015/07/07 (火) 21:18:44 - mon 阻害剤も特異性の問題があるので、複数の阻害剤があれば共通の効果を抽出(解釈）する必要があります。１種の阻害剤だけでは、ある機能を示唆する(推定できる）程度の結論になります。 siRNAも、特異性およびおっしゃるような発現量(抑制効果）の問題があります。 Dominant Negativeとか、CRISPER/Cas9によるKOとかも含めて、それぞれ特徴的で補完的な解析手法ですから、総合的に解釈すべきです。 とはいっても、(一見）矛盾する結果がでることもあり解釈に悩むこともありますけど。

siRNAか阻害剤か？ 削除/引用 No.4252-1 - 2015/07/07 (火) 18:53:03 - Chip 最近は、MAPKや転写因子の活性阻害剤も増えています。また、RNA干渉によるタンパク質の発現抑制によって、そのタンパクの機能を評価することも可能です。 たとえば、p38MAPKの機能を調べるという論文では、１．阻害剤によるp38MAPKの活性化阻害による標的遺伝子の発現解析、２．siRNAによるp38の発現抑制による標的遺伝子の発現解析、などが手法として考えられますが、じゃあどちらの方法がp38の機能を正確に確認していると考えられるでしょうか？ 阻害剤は標的タンパクの機能を阻害するので、標的タンパクの発現量は変えない。siRNAは標的タンパクの発現量を減らして機能そのものは残しておくという点で、全く異なる事象に関する質問になることは承知していますが、皆さんはどの様にお考えでしょうか？ こんなときはsiRNA、こんなときは阻害剤という選択の基準やメリット・デメリットがあればご意見を参考にさせていただければと思います。費用対効果も１つの理由であると思いますが。 よろしくおねがいします。

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