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(無題) 削除/引用 No.4239-4 - 2015/07/05 (日) 18:58:16 - 板挟み 長文を読んでいただいた上に、メッセージを頂きありがとうございます。 そもそもtriplicateでやらなくても、という所ですね…。 私の場合、標準曲線を何度か書いたときに、dynamic langeを決める際、薄い濃度のところでばらつきが大きくなるプライマーがありまして、duplicateだと検体の濃度が測定域に入れられないかも、という不安があります。 duplicateでやるとして、もし検討したい群の数が多くて、96wellに収まらない場合、どうされていますか？2枚目を作るとして、external controlを設定しますか？external controlを設定するのであれば、同じプレートにreference geneとGOIを必ずしも一緒に設置する必要はないのではと思うのですが、このあたりどうでしょうか…(前述のmethod�Aになります)。 もし可能であれば、お返事お待ちしています。

(無題) 削除/引用 No.4239-3 - 2015/07/04 (土) 06:42:35 - モブより dupliで十分 プレート少なく

修正 削除/引用 No.4239-2 - 2015/07/03 (金) 19:02:03 - 板挟み 長文失礼しました。 それと、掲示板上ではスペースが消えてしまい、plate表が見にくくなってしまっていました。well間をアンダーバーで表現しなおします。 method�@ plate1枚目 A�@ref_A�@ref_A�@ref B�@ref_B�@ref_B�@ref C�@ref_C�@ref_C�@ref NTCref_NTCref_NTCref A�@GOI_A�@GOI_A�@GOI B�@GOI_B�@GOI_B�@GOI C�@GOI_C�@GOI_C�@GOI NTCGOI_NTCGOI_NTCGOI plate2枚目 A�Aref_A�Aref_A�Aref B�Aref_B�Aref_B�Aref C�Aref_C�Aref_C�Aref NTCref_NTCref_NTCref A�AGOI_A�AGOI_A�AGOI B�AGOI_B�AGOI_B�AGOI C�AGOI_C�AGOI_C�AGOI NTCGOI_NTCGOI_NTCGOI method�A plate1枚目 Calref_Calref_Calref_B�@ref_B�@ref_B�@ref NTCref_NTCref_NTCref_B�Aref_B�Aref_B�Aref A�@ref_A�@ref_A�@ref_B�Bref_B�Bref_B�Bref A�Aref_A�Aref_A�Aref_以下同様 A�Bref_A�Bref_A�Bref_ A�Cref_A�Cref_A�Cref_ A�Dref_A�Dref_A�Dref_ A�Eref_A�Eref_A�Eref_ plate2枚目 CalGOI_CalGOI_CalGOI_B�@GOI_B�@GOI_B�@GOI NTCGOI_NTCGOI_NTCGOI_B�AGOI_B�AGOI_B�AGOI A�@GOI_A�@GOI_A�@GOI_B�BGOI_B�BGOI_B�BGOI A�AGOI_A�AGOI_A�AGOI_以下同様 A�BGOI_A�BGOI_A�BGOI_ A�CGOI_A�CGOI_A�CGOI_ A�DGOI_A�DGOI_A�DGOI_ A�EGOI_A�EGOI_A�EGOI_ ご意見等ありましたらよろしくお願いします。

qPCRのwell配置について 削除/引用 No.4239-1 - 2015/07/02 (木) 19:30:25 - 板挟み real-time qPCRのwell配置について,皆さんはどんな方法を用いていますか？大まかに後述の二つに分けることができると思います.私はこのうち�Aを選択しましたが,私の周囲の研究者はみな�@を選択しています.どちらがよいか記載してある論文は見つけられませんでした. -実験計画例- 3群(A,B,C)を比較します.　A.非投与群　B.生食投与群　C.薬物投与群 とします.それぞれの群の被験者数は6(�@,�A,�B,�C,�D,�E). 薬物が標的geneの発現に及ぼす影響を調べるのが実験の目的です.reference geneをref,定量したいgeneをGOI(gene of interest)と記載します.NTCはno template controlです.96 well plateを用い,triplicateで行います. method�@：一つのplateにrefとGOIのwellを設置する方法です. plate１枚目 A�@ref A�@ref A�@ref B�@ref B�@ref B�@ref C�@ref C�@ref C�@ref NTCref NTCref NTCref A�@GOI A�@GOI A�@GOI B�@GOI B�@GOI B�@GOI C�@GOI C�@GOI C�@GOI NTCGOI NTCGOI NTCGOI plate2枚目 A�Aref A�Aref A�Aref B�Aref B�Aref B�Aref C�Aref C�Aref C�Aref NTCref NTCref NTCref A�AGOI A�AGOI A�AGOI B�AGOI B�AGOI B�AGOI C�AGOI C�AGOI C�AGOI NTCGOI NTCGOI NTCGOI 同様に合計6枚行います.plate内に標準曲線のための希釈系列を置くことも多い様です.結果はそれぞれのplateのA群の検体をcalibrator(結果が必ず1となる)として扱い,それぞれのplateの中で相対定量値を求めます. method�A：1つのプレート内にrefとGOIを同時に設置することにこだわりません.calibratorとして別な検体を準備します(Cal).実験を通して同じ濃度のCalibratorが使えるよう,十分量用意します. plate1枚目 Calref Calref Calref B�@ref B�@ref B�@ref NTCref NTCref NTCref B�Aref B�Aref B�Aref A�@ref A�@ref A�@ref .... A�Aref A�Aref A�Aref A�Bref A�Bref A�Bref A�Cref A�Cref A�Cref A�Dref A�Dref A�Dref A�Eref A�Eref A�Eref plate2枚目 CalGOI CalGOI CalGOI B�@GOI B�@GOI B�@GOI NTCGOI NTCGOI NTCGOI B�AGOI B�AGOI B�AGOI A�@GOI A�@GOI A�@GOI .... A�AGOI A�AGOI A�AGOI A�BGOI A�BGOI A�BGOI A�CGOI A�CGOI A�CGOI A�DGOI A�DGOI A�DGOI A�EGOI A�EGOI A�EGOI 標準曲線については,別なプレートで行います.もし,それぞれのgeneの検体数が一枚に収まらなかったとしても、別plateに同様にCalibratorの検体を設置して作成します.各検体の結果は,calibratorに対する相対値を求めてから,Normalizerによる補正を行うことになります. �Aの方法の利点として,実験間誤差＋生物学的変動をSDで出せる点があります。近年の論文をみると,qPCRの結果のcontrol群にSDを描出しているものが多い様です.ただし,今回の3群であれば,�@の方法でもB群にはSDがつくことになります.また,�Aの方法の欠点として,calibratorの手技的誤差が全体に大きな影響を及ぼす点があると思います. 皆様のご意見をいただければ幸いです.

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