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(無題) 削除/引用 No.4198-4 - 2015/06/21 (日) 11:30:03 - おお http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download ここでBlast stand-aloneがdownloadできるようです。 でuser manualにBuilding a BLAST database with local sequencesとありますので、作成したESTライブラリーの配列をdatabase化してしまえばいいのでは? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279688/

(無題) 削除/引用 No.4198-3 - 2015/06/20 (土) 22:47:10 - 初心者 おおさん ご返信ありがとうございます。 書き方が悪かったですね。すみません。 したいことは、「作成したESTライブラリーの中から、ある配列を探したい」です。 blastではできない気がするのですが。。フリーの解析ソフトでできるものがあればお教え願います。

(無題) 削除/引用 No.4198-2 - 2015/06/20 (土) 04:24:38 - おお contigのほうは一般的なDNAの解析用ソフトでもあるんじゃなかったかなぁ。。。まあ普段使わないので、ほかの方に譲るとして、、、 >ある配列（Blastから引っ張ってくる）の相同性の検索 これはこちらではだめなんでしょうか?ちょっと具体的に何がしたいかわからなかったので、使えるかどうかの判断は委ねます。 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

相同性検索 削除/引用 No.4198-1 - 2015/06/19 (金) 21:32:37 - 初心者 ウェブ上で相同性検索をするのに使えるページはありますでしょうか。 作製したESTライブラリーの約50000個のcontigと、ある配列（Blastから引っ張ってくる）の相同性の検索はどのようにすればできるでしょうか。 ClustalWは今回の検索には使えなさそうでした。 ご教示いただけますと幸いです。

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