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(無題) 削除/引用 No.4193-2 - 2015/06/19 (金) 10:13:43 - おお 再けんだくにtrypsin-EDTA使うぐらいだったらPBS(Mg, Ca free)とかHBSS(Mg, Ca free)にするなぁ。。。あとはマイルドな酵素をつかうとか。 ヒト線維芽細胞さいぼうだったらPBS-EDTAで二、三回洗えばはがれてきたりしないかなぁ。

1-cell transcriptome/細胞のclumpingの問題 削除/引用 No.4193-1 - 2015/06/19 (金) 09:21:59 - 1-cell この度はお世話になります。どうぞ宜しくお願い致します。 現在、1-cell transcriptome解析を行おうとしています。 細胞はヒトprimary線維芽細胞です。機器はC1です。 トリプシン/EDTAで細胞を剥がした後、complete mediumで中和、遠心後、complete mediumで再懸濁してcell countを行いました。顕微鏡下ではシングルセルを確認していたのですが、いざ、C1にセットして、capture（1 cell/well）したところ、19-wellのみがシングルセルでした。 どうもサンプルがcell clumping togetherしているようです。 このcell aggregationを抑える工夫としてどのようなことをすればいいでしょうか？ 今考えているのは、 1. サンプルのcaptureを4˚Cで行う（機器にそのような設定がないのでこれは無理そうですが） 2. complete mediumにEDTAを数mM入れてみる 3. 細胞をdishから剥がして、遠心後の再懸濁mediumにトリプシン/EDTAを使ってみる 等々を考えています。が、最後のトリプシン/EDTAはかなり乱暴で、transcriptomeデータにも影響が出てしまいそうです。 みなさんの工夫を教えていただけませんでしょうか？

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