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(無題) 削除/引用 No.4181-4 - 2015/06/16 (火) 23:57:21 - ポスドク独 たていす様 ありがとうございます。 有機溶媒中での平均構造ということでよいです。タンパク質と既報のリガンド（複数）との反応がとれないのですが、反応がとれるラボ・取れないラボとあるようなので、溶媒中の構造の取り方の違いが反応の有無につながっていないかと、そこから何か類推できないかと考え、複数の溶媒中でのリガンドの構造を手軽に推定できないかと思った次第です。 全くの不勉強で、ここで質問するまで、molecular dynamicsという言葉自体なじみがないものでした。検索すると、複数のサイトにあたりましたので、その発想が妥当なものかも含め、少し勉強してみようと思います。 サンショウウオ様 お返事ありがとうございます。 こちらの知識のなさを痛感しているところですが、最終的には「タンパク質とリガンドの相互作用を見たい」ので、そのために既報のリガンドが溶媒中でどのような構造をとるのかを知りたかったのですが、何か問題などあるのでしょうか。質問ばかりで済みません。

(無題) 削除/引用 No.4181-3 - 2015/06/13 (土) 13:31:37 - サンショウウオ YASARA でエタノールと水分子存在下でMD計算して平衡状態に達して以後の分子構造を求める。(水分子を考慮した例（細胞膜も一緒だけど）。ttp://www.yasara.org/membranemd.htm) もしくは AMBERで同様の計算を行う。。。 とかだと思います。 YASARAは安いですが大規模計算に向かなかったり。 タンパク質とリガンドの相互作用を見たいわけではないですよね？

(無題) 削除/引用 No.4181-2 - 2015/06/12 (金) 22:39:20 - たていす 何をやりたいのか理解できませんが、有機溶媒中で低分子化合物の構造平均のようなことであれば、molecular dynamicsで計算することが可能なのかもしれません。私はMD-計算の経験はないので、あしからず。

溶媒中の構造 削除/引用 No.4181-1 - 2015/06/12 (金) 22:15:01 - ポスドク独 いつも勉強させていただいております。 生物系の研究をしているのですが、あるタンパク質と反応する天然あるいは合成化合物を探しています。エタノールやDMSOなどの溶媒に溶かした物質がどのような状態で安定化しているかを参考にしたいと考えております。溶媒と溶質から安定構造を推定できるデータベースなどはあるでしょうか。

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