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GAPDHのバンドがそろわなかった時の対処法 トピック削除
No.4145-TOPIC - 2015/06/01 (月) 16:50:44 - オルガン
お世話になります。

ウェスタンブロッティングについての質問です。

タンパク定量後、同じ量のタンパクを流してウェスタンしているはずが、
GAPDHのバンドが、どうしてもそろわないことがあります。
おそらく定量のところで、問題があったのだと思います。

SDS化したタンパク(GAPDHがそろっていないもの)を
なんとかローディング量をそろえて、今後も実験で使用したいです。

このような場合、そろっていないGAPDHの発現値の比較から
次回アプライする量を調整して
ローディングするタンパク量をそろえてもよいものでしょうか。

それとも、このようなやり方は、問題があるでしょうか。

教えてください。よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4145-6 - 2015/06/06 (土) 03:26:20 - おお
組織が違うとtotalのえいどうパターンが大きく違って、比較してもよくわからないこともあります。

できるなら、lysateから定量まで3度くらい繰り返し、実験のぶれなのか、constantにGAPDHが高い(低い)のかなど見極めるといいかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.4145-5 - 2015/06/03 (水) 15:29:27 - オルガン

おお様
ありがとうございます。
タンパク定量に本当に問題があるのか、それともGAPDHの発現が変化しているのか、再検討させていただきます。

>>>サンプルの比較はどういったものの比較でしょう。
刺激なし・ありの細胞や、正常・病気の組織(ヒト)です。
特に組織では、ブレが激しい時があります。

1q2w3え4r5t6y7う様
ご回答ありがとうございます。
GAPDHの発現量も変化しうるということを頭に置いて実験していきたいと思います。

まっくろん様
書き込みありがとうございます。
メンブレンを染める方法があるのですね!一度、メンブレン上の全タンパクを染めて、タンパク濃度の確認をしてみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.4145-4 - 2015/06/03 (水) 10:04:12 - まっくろん
 一度,メンブレンをポンソー等で染めてみて,タンパク質濃度が異なることを確認してから,再度サンプリングするなり,タンパク定量の方法を見直すなりしてみてはどうでしょう。

(無題) 削除/引用
No.4145-3 - 2015/06/03 (水) 01:46:09 - 1q2w3え4r5t6y7う
同一蛋白質量をアプライしていれば、異なるサンプル間でGAPDHの発現量がそろうはず、ということについて科学的な根拠はないような気がするんだが。今見てるものがもしかしたら本当の姿という可能性はないだろうか。

(無題) 削除/引用
No.4145-2 - 2015/06/01 (月) 18:43:51 - おお
もんだいがあります。なぜそろわなかったのか、蛋白量のestimationが本当に悪かったのか再検討してください。estimationに問題がないならGAPDHの発現が変化している可能性もありますし、蛋白の分解が一部のサンプルで起こっているかもしれません。サンプルの比較はどういったものの比較でしょう。違う組織からとると比較的ぶれるもので、ぶれた状態で提示しても理解が得られるのではないかなと。

GAPDHのバンドがそろわなかった時の対処法 削除/引用
No.4145-1 - 2015/06/01 (月) 16:50:44 - オルガン
お世話になります。

ウェスタンブロッティングについての質問です。

タンパク定量後、同じ量のタンパクを流してウェスタンしているはずが、
GAPDHのバンドが、どうしてもそろわないことがあります。
おそらく定量のところで、問題があったのだと思います。

SDS化したタンパク(GAPDHがそろっていないもの)を
なんとかローディング量をそろえて、今後も実験で使用したいです。

このような場合、そろっていないGAPDHの発現値の比較から
次回アプライする量を調整して
ローディングするタンパク量をそろえてもよいものでしょうか。

それとも、このようなやり方は、問題があるでしょうか。

教えてください。よろしくお願いします。

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