Bio Technical フォーラム

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PTPを用いた種数の定量化について トピック削除
No.4137-TOPIC - 2015/05/28 (木) 17:40:41 - のざわ
DNA配列から,PTPモデルを用いて種数を定量化したいと思っています.
種の区切りが記された以下のような2つのアウトプットファイルが得られました.

・myoutput.PTPhSupportPartition.txt
 「Most supported partition found by simple heuristic search」
・myoutput.PTPMLPartition.txt
 「Max likilhood partition」

「」の中は各ファイルの1行目に記された文章です.
2つ目のアウトプットファイルが最尤推定によって計算された結果であることは分かりますが,1つ目のファイルはどのようにして求められた結果なのでしょうか.

2つの結果が示す種数が大きく異なる場合,どちらの計算結果が正しいとされるのでしょうか.

以上2点よろしくお願いします.
 
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(無題) 削除/引用
No.4137-2 - 2015/05/30 (土) 13:11:44 - 橘
https://github.com/zhangjiajie/PTP
に書いてありますよ。

PTPを用いた種数の定量化について 削除/引用
No.4137-1 - 2015/05/28 (木) 17:40:41 - のざわ
DNA配列から,PTPモデルを用いて種数を定量化したいと思っています.
種の区切りが記された以下のような2つのアウトプットファイルが得られました.

・myoutput.PTPhSupportPartition.txt
 「Most supported partition found by simple heuristic search」
・myoutput.PTPMLPartition.txt
 「Max likilhood partition」

「」の中は各ファイルの1行目に記された文章です.
2つ目のアウトプットファイルが最尤推定によって計算された結果であることは分かりますが,1つ目のファイルはどのようにして求められた結果なのでしょうか.

2つの結果が示す種数が大きく異なる場合,どちらの計算結果が正しいとされるのでしょうか.

以上2点よろしくお願いします.

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