全10件 ( 1 〜 10 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.4069-10 - 2015/05/14 (木) 14:39:08 - 浅学者 おおさんありがとうございます！ 昨日Journalクラブは終わってしまいましたが、なぜmRNAが下がるのかということについては質問されることなく淡々と過ぎて行きました•••イントロンは調べていないようでしたね。エクソームシークエンスでした。プロモータも調べられていないと思います。 cycloheximideで処理するというのは論文ではやられていなかったですね。NMDではないだろうからというのが根拠かもしれません。 おおさんのコメントで驚いたんですが、この論文中の患者さんのミス変異はエクソンの真ん中当たりにあって、スプライシングに影響するようなところとは思えないんです。 【いくらかの疾患で変異のある遺伝子のなかで、アミノ酸が変化しないものなどが見つかっています。しかしながらその変異の箇所がpre-mRNAのスプライシング異常を起こすため、NMDにより排除されてmRNAの発現量が落ちてしまうという報告がけっこうあります。その様な報告の中には変異がアミノ酸置換を起こすが、その影響よりむしろNMDの影響のを受けているというものもあるという例もpublishされています。】Journal clubは終わってしまいましたが、気になるのでもしご存知でしたら教えてください！おおさんのご存知の例というのはスプライス部に近い変異を持つような場合にはNMDが起こるという事で、論文のようにエクソンの真ん中あたりのミス変異はおおさんのご存知の仕組みでは説明できそうになさそうでしょうか？ スプライシングに影響を与えそうにないところでもmRNAの減少が見られるということは、やはりNMDではないんじゃないかな？と思っています。codon usageについてもその論文では触れられていませんでしたが、relative codon usageはWTが46%に対して、ミス変異だと16%になっていました。つまりミス変異のコドンはレアコドンということになりますね。MDRのサイエンスの論文でも同じような頻度のreductionでもfoldingに影響がありそうでしたし、mRNAレベルでもinstabilityの影響を受けるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.4069-9 - 2015/05/07 (木) 01:35:32 - おお 加えてプロモーターとかも。。。

(無題) 削除/引用 No.4069-8 - 2015/05/07 (木) 01:34:29 - おお mutationはintron領域も調べられていますでしょうか。偶然ほかの領域にもmutationがある場合も考えられますから。

(無題) 削除/引用 No.4069-7 - 2015/05/06 (水) 22:30:56 - おお 母性遺伝、X染色体などもキーワードかと思われますが、、、そのあたりはたぶん結論はお持ちかと思えますけど、、、

(無題) 削除/引用 No.4069-6 - 2015/05/06 (水) 22:03:57 - おお 培養できる細胞がてにはいるならcycloheximide処理をしてやるとNMDかどうかわかる場合があると思います。NMDは初回のtranslationの時に異常なRNAかを判断する機構がありますので。

(無題) 削除/引用 No.4069-5 - 2015/05/06 (水) 21:34:06 - おお >[Re:4] 浅学者さんは書きました : > 別のアミノ酸に変わる変異なのでNMDではないみたいです。 いくらかの疾患で変異のある遺伝子のなかで、アミノ酸が変化しないものなどが見つかっています。しかしながらその変異の箇所がpre-mRNAのスプライシング異常を起こすため、NMDにより排除されてmRNAの発現量が落ちてしまうという報告がけっこうあります。その様な報告の中には変異がアミノ酸置換を起こすが、その影響よりむしろNMDの影響のを受けているというものもあるという例もpublishされています。

(無題) 削除/引用 No.4069-4 - 2015/05/06 (水) 15:09:36 - 浅学者 別のアミノ酸に変わる変異なのでNMDではないみたいです。 父親がミス変異を持っていて、母親が同じ遺伝子に別のミス変異を持ってるようです。 父親のmRNAの発現は正常と変わりなくて、母親のは20%ほど低いんですよね。で病気が現れてる子はほとんど発現してないです。 ミス変異でなぜmRNAが下がるのか？と思ったのですが、確かにコドンユーセージはあり得ますね。 non-synonimousな変異を持つMDRも影響が出てるって論文が昔ありましたよね。 やはりmRNAレベルでのQCが反映してるんでしょうか？そのタンパクの下流のシグナルでフィードバックが起きてるって可能性も否定できなくもないですが。その論文ではその辺には何も触れられてませんでした。

(無題) 削除/引用 No.4069-3 - 2015/05/05 (火) 00:01:16 - ＿ 本当かどうかわかりませんが、こういう話もあります。 Codon optimality is a major determinant of mRNA stability http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25768907

(無題) 削除/引用 No.4069-2 - 2015/05/04 (月) 21:00:55 - おお NMDとかしらべてみてください。

アミノ酸変異がたんぱくの遺伝子発現に影響与えるか 削除/引用 No.4069-1 - 2015/05/04 (月) 18:30:35 - 浅学者 学びが浅いとは自覚していますが、論文を読んでいて気になったので質問させてください！ Nature Geneticsの論文を読んでいます。１アミノ酸置換がタンパクの機能に影響を与え、肥満になるようです。この論文では脂肪組織やプライマリー脂肪細胞でそのタンパクのmRNAも見ていて、変異を持つ患者ではmRNAが低いようです。不思議なのがプライマリー細胞や皮膚の培養細胞でもmRNAが低いデータを出しています。 アミノ酸変異がタンパクの機能や寿命等に影響を与えうるというのは想像できるんですが、自分自身のmRNAの発現にも影響を与えてしまうというのは面白いんですけど、解釈に困っています。 そのタンパクのダウンストリームにそのタンパクそのものが制御対象になってる可能性もあるかもしれませんが…

全10件 ( 1 〜 10 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---