Bio Technical フォーラム

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Tx-114について トピック削除
No.4066-TOPIC - 2015/05/01 (金) 07:56:19 - TX114
平素は大変お世話になっております。

細胞内小器官の膜に局在する膜タンパク質をウエスタンにて検出したいのですが、ホールのセルライセートでは見えませんでした。過剰発現したものではしっかりと検出されるので、抗体はウエスタンには使えそうです。

研究施設にはダウンス型ホモジナイザーがなく、できれば核と細胞質を除いたものを調製したいと思っていまして、ハイポトニックバッファーで細胞を処理してみましたが(2mM Tris-HCl, pH7.5, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 1 mM DDT, 1mM EDTA + Protease inhibitors cocktail)、鏡顕下では細胞が破裂していなさそうでした。p10チップをp1000ピペットの先端につけてピペッティングしてみましたが、1000gで遠心してもペレットの大きさはピペッティングの有無では変わらずでした。

本当はダウンス型ホモジナイザーで処理したいのですが、施設にありません。ソニケーターは施設にありますが、核が壊れるため、他の方法を探しています。

そこでTx114を利用した方法があるとこちらで拝見しました。

回収効率はいかほどでしょうか?
古い論文で見たTx114の調製方法は単純ではないようですが↓このように調製するというのは今でも変わらずでしょうか?

ttp://cail.cn/cail-protocols/B18.pdf

私の目的はSDS-PAGEでゲルにアプライするタンパク質量(このうち、ほとんどを膜タンパク質に)を増やして、なんとか内在性の膜タンパク質をみるというものです。細胞は不死化したB細胞ですので、どんどん増やせられます。

また、20℃がTx114の曇点のようですが、それ以上の温度に設定できる高速遠心機がありません。
室温のもので、25度くらいにはなりますが、それ以上に上昇させることはできません。

また沈殿させたTx114の分画に直接SDSサンプルバッファーを入れて、その後SDS-PAGEをしたらよいでしょうか?ゲル内のTx114濃度が高すぎる事で何か問題は起きえますでしょうか?

このような環境の下で、挑戦する価値のある手法でしょうか?
大変稚拙で恐縮しておりますが、どうかよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4066-12 - 2015/05/01 (金) 11:37:59 - おお
>[Re:10] TX114さんは書きました :

> 原点に帰って、ではTx114を使うメリットはなんだろうかと考えました。
> おそらく、Tx114を使う方法は、それ自身がdetergentなので、膜分画を抽出後改めて可溶化するステップが必要ないとかそういった理由なんでしょうね。

超遠心や高速冷却遠心機がないらぼでもできますし、小スケールにアダプトしやすいので手軽にできるからというのも理由でしょうね。

(無題) 削除/引用
No.4066-11 - 2015/05/01 (金) 11:32:06 - おお
たぶんおわかりになっていると思いますが、遠心機の温度はTX-114を使わない限りあげる必要はないですね。一応念のため。

(無題) 削除/引用
No.4066-10 - 2015/05/01 (金) 11:29:21 - TX114
おおさま

詳しいプロトコルをご提示いただきありがとうございます。
hypotonicなbufferだけでは細胞は破裂しないことを学んだだけでなく、多くのことを知る事ができました。ありがとうございます。

原点に帰って、ではTx114を使うメリットはなんだろうかと考えました。
おそらく、Tx114を使う方法は、それ自身がdetergentなので、膜分画を抽出後改めて可溶化するステップが必要ないとかそういった理由なんでしょうね。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4066-9 - 2015/05/01 (金) 11:25:32 - TX114
中年さま

ダウンス型のホモジナイザーを見てみました。5万円以内で買えるとは知りませんでした。
ただ今回私が取り組もうとしている実験を他の人がやるようには思えないですし、組織用ホモジナイザー(かなり大きめ)があるので、購入は許可されそうにもありません・・

ですが教えていただき、ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.4066-8 - 2015/05/01 (金) 11:18:30 - おお
http://www.mdanderson.org/education-and-research/departments-programs-and-labs/labs/shi-laboratory/protocols/small-scale-nuclear-protein-extraction.pdf


b. Using a syringe with a narrow-gauge (No. 27) hypodermic needle, fill the syringe
with 1X Lysis Buffer. The syringe plunger is used to displace the buffer as fully as
possible. This removes all the air from the syringe and prevents excess air being
pumped into the cell suspension during lysis. Draw the cell suspension slowly into the
syringe and then eject with a single rapid stroke. Repeat five times.

http://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/protocols/biology/nuclear-protein-extraction.html


わたしは25Gぐらいでたいていやってますが、上記では27Gをつかってますね。10ー15回の出し入れでしてますが、最初のプロとコールでは5回ぐらいを基準にしているようです(細いからでしょうねきっと)。

(無題) 削除/引用
No.4066-7 - 2015/05/01 (金) 11:02:38 - TX114
おおさま

23-25Gのシリンジを通しても核は壊れないようにすることができるのですね。
泡立てず丁寧に出し入れする回数としてはおおよそどれくらいでしょうか?

私はこれまで核タンパク質を見る際には、細胞のペレットの直接SDSサンプルバッファーを加えて、その後シリンジをgenomeによry粘性がなくなるまでパススルーさせてました。

おお様からご指摘していただいてふと思いましたが、SDSを入れなければ核はそれなりの強度でニードルのパススルーを耐えられるかもしれませんね。

遠心機の温度についても設定温度をあげておくことにします。ありがとうございます。

Tx114は難しいかもしれませんね。一度、凍結融解か、ニードルに通すことを考えようと思います。

予定では、細胞のペレットを1ミリリットルの上記hypotonic bufferに晒し、その後、1 mlのシリンジをさした23-25Gのニードルに出し入れしてみることにします。その後1000gでデブリスを除いた後、超遠心を行ってみます。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.4066-6 - 2015/05/01 (金) 10:18:36 - 中年
ダウンス型ホモジナイザーはサイズにも依りますが数万円のものですので、購入を検討されてはどうですか?

(無題) 削除/引用
No.4066-5 - 2015/05/01 (金) 08:51:48 - おお
膜を回収するにはTX-114も手ですが、細胞が壊せたなら核などのでぶりを弱い遠心でのぞいて、残ったものを強い遠心で膜を回収する手があります。
理想的には100000gで10分ぐらいですが、30000gで30-60minとかでもそこそこ回収できるようです。マイクロチューブで13000rpmで回収する人もいますが、ある程度回収できると思いますが回収率や、回収できるものの方よりについては経験がないので何ともいえません。

(無題) 削除/引用
No.4066-4 - 2015/05/01 (金) 08:44:52 - おお
核が壊れる心配ですが、低張液で壊れてもクロマチンや核マトリクスが崩壊するほど強い超音波をかけなければそんなに気にすることはないとおもいます。もう少しマイルドにというなら凍結融解というてもあると思います。

(無題) 削除/引用
No.4066-3 - 2015/05/01 (金) 08:40:34 - おお
冷却機能しかない特にマイクロチューブの遠心機なら、温度設定を35度とかせっていして遠心すると、35度になるまで冷却がonにならないので、遠心中に温度があがり目的の温度に達するというのはできるかと。また冷却機能をきってしまうと温度が遠心時にあがります。そんなもんで分離はできますが、毎回の再現性というとどうなるかはわかりません。

(無題) 削除/引用
No.4066-2 - 2015/05/01 (金) 08:34:24 - おお
いういろと幅広いしつもんなので一つ一つつぶしていくと、23-25Gの注射針などを通して細胞を壊して細胞内小器官(核、ミトコンドリアなど)をとることもあります。ダウンス型ホモジナイザーなどつかいづらい小スケールではよくやられているようです。

Tx-114について 削除/引用
No.4066-1 - 2015/05/01 (金) 07:56:19 - TX114
平素は大変お世話になっております。

細胞内小器官の膜に局在する膜タンパク質をウエスタンにて検出したいのですが、ホールのセルライセートでは見えませんでした。過剰発現したものではしっかりと検出されるので、抗体はウエスタンには使えそうです。

研究施設にはダウンス型ホモジナイザーがなく、できれば核と細胞質を除いたものを調製したいと思っていまして、ハイポトニックバッファーで細胞を処理してみましたが(2mM Tris-HCl, pH7.5, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 1 mM DDT, 1mM EDTA + Protease inhibitors cocktail)、鏡顕下では細胞が破裂していなさそうでした。p10チップをp1000ピペットの先端につけてピペッティングしてみましたが、1000gで遠心してもペレットの大きさはピペッティングの有無では変わらずでした。

本当はダウンス型ホモジナイザーで処理したいのですが、施設にありません。ソニケーターは施設にありますが、核が壊れるため、他の方法を探しています。

そこでTx114を利用した方法があるとこちらで拝見しました。

回収効率はいかほどでしょうか?
古い論文で見たTx114の調製方法は単純ではないようですが↓このように調製するというのは今でも変わらずでしょうか?

ttp://cail.cn/cail-protocols/B18.pdf

私の目的はSDS-PAGEでゲルにアプライするタンパク質量(このうち、ほとんどを膜タンパク質に)を増やして、なんとか内在性の膜タンパク質をみるというものです。細胞は不死化したB細胞ですので、どんどん増やせられます。

また、20℃がTx114の曇点のようですが、それ以上の温度に設定できる高速遠心機がありません。
室温のもので、25度くらいにはなりますが、それ以上に上昇させることはできません。

また沈殿させたTx114の分画に直接SDSサンプルバッファーを入れて、その後SDS-PAGEをしたらよいでしょうか?ゲル内のTx114濃度が高すぎる事で何か問題は起きえますでしょうか?

このような環境の下で、挑戦する価値のある手法でしょうか?
大変稚拙で恐縮しておりますが、どうかよろしくお願いいたします。

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