Bio Technical フォーラム

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細胞株の遺伝子増幅の有無の調べ方について トピック削除
No.4051-TOPIC - 2015/04/24 (金) 09:15:43 - 大学院生です
平素より大変お世話になっております。

実験の目的に沿った細胞株の入手を検討しているのですが、細胞株の詳細についての調べ方についてご教示をお願い申し上げます。

具体的には、EGFR遺伝子の増幅の有無について調べたいと考えております。
これまでCOSMIC(cell lines project)を見て、遺伝子のmutationの有無について調べる事は出来たのですが、遺伝子増幅の有無についてはどこを見れば良いのか今ひとつ分かりません。

細胞株検索に関するお勧めのサイトや調べ方などご存知の方がいらっしゃれば、ご教示頂ければ幸いと存じます。
何卒宜しくお願い申し上げます。
 
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(無題) 削除/引用
No.4051-3 - 2015/04/25 (土) 12:24:15 - おお
http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/help/cnv/overview

(無題) 削除/引用
No.4051-2 - 2015/04/25 (土) 12:22:49 - おお
http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/sample/overview?id=687777

circrosのタブがあるばあいは、円の中心に近い方からオレンジっぽいバーが立っているところをみればいいのかな。

あるいは、CNVは Copy Number Variant だからCNV & exprのタブからみればいいのかな。

どれほど完成したデーターなのかよくわかりませんけどね。

細胞株の遺伝子増幅の有無の調べ方について 削除/引用
No.4051-1 - 2015/04/24 (金) 09:15:43 - 大学院生です
平素より大変お世話になっております。

実験の目的に沿った細胞株の入手を検討しているのですが、細胞株の詳細についての調べ方についてご教示をお願い申し上げます。

具体的には、EGFR遺伝子の増幅の有無について調べたいと考えております。
これまでCOSMIC(cell lines project)を見て、遺伝子のmutationの有無について調べる事は出来たのですが、遺伝子増幅の有無についてはどこを見れば良いのか今ひとつ分かりません。

細胞株検索に関するお勧めのサイトや調べ方などご存知の方がいらっしゃれば、ご教示頂ければ幸いと存じます。
何卒宜しくお願い申し上げます。

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