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N末端のシグナル配列の必要性について トピック削除
No.4028-TOPIC - 2015/04/18 (土) 14:08:13 - タンパク質は難しい
学生です。

論文を読んでいて疑問に思ったので質問させてください。

ER/ゴルジに局在する2型膜タンパク質をコードする遺伝子を乗せたプラスミドのコンストラクションをしている論文を読んでいます。

その論文ではN末端側にFLAGタグを付加しています。

私のこれまでの理解では、N末側にはER/ゴルジに入るため（トランスロコンとの相互作用に。）のシグナル配列が必要で、それが無いと細胞質に拡散してしまうと思っていました。その論文ではきちんとER/ゴルジに局在しており、機能的に働いています。N末にFLAGなど付けたらER/ゴルジに行けないのでは？と思い、このタンパク質の機能的なドメイン検索したところ、このタンパク質にはシグナル配列がなさそうです。

そのため、FLAGをN末に付けているんだろうと思うんですが、シグナル配列が無いタンパク質でもER/ゴルジに移行できるタンパク質はそれほど珍しくもないのでしょうか？

FLAGの外側にはシグナル配列を持たせてはいないようです。
素人的な質問で情けないですが、教科書で分泌系を学んではいるのですが、これが例外にあたるのかと思い、質問しました。あるいは私の理解が間違っていたらご指摘いただけますと嬉しいです。
　
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(無題) 削除/引用
No.4028-5 - 2015/04/18 (土) 15:12:35 - タンパク質は難しい
おおさん
internal signal sequenceという言葉があるんですね！
知りませんでした。調べてみます。

ひとまず論文を読み進めることができそうです。有り難う御座いました。

(無題) 削除/引用
No.4028-4 - 2015/04/18 (土) 15:11:34 - タンパク質は難しい
APさん有り難う御座います！
私の教科書ではtype 2のタンパク質にもN末側にシグナル配列はあるものだ、と書かれてあります。
type IIではtype Iとは向きが逆になるようにERに入ることは学んでいました。

type IIにもN末側にシグナル配列を持たないものはあるのですね。

「膜貫通ドメインの周辺に膜移行を決める配列」
そうなんですね！とても面白いです。ぜひ調べてみます！有り難う御座います。

(無題) 削除/引用
No.4028-3 - 2015/04/18 (土) 14:53:29 - おお
早くからcharacterizeされているN-terminalにあるsignal peptideによるERへの移行からみれば例外に当たるといえるかもしれませんが、そうでないのが確かにあって、いろいろ調べられてきているのも本当のようです。

なるべく新しいテキスト(Molecular biology of the cellとか)でinternal signal sequenceなどを調べてみるといいでしょう。

どれくらい種類があるかはわかりませんけど、これなんかそうじゃないかな。
http://www.uniprot.org/uniprot/P29033

(無題) 削除/引用
No.4028-2 - 2015/04/18 (土) 14:47:57 - AP
典型的なType I transmenbrane protein（一回膜貫通、N-out, C-in)だとそうですが、他のタイプだと必ずしもそうではありません。質問のType II（一回膜貫通、C-out, N)であれば、N末シグナルシークエンスでゴルジに入ってしまうと、トポロジーが逆転してしまいますしね。こういうやつや、複数回膜貫通のやつなんかは膜貫通ドメインの周辺に膜移行を決める配列があるようですね。

N末端のシグナル配列の必要性について 削除/引用
No.4028-1 - 2015/04/18 (土) 14:08:13 - タンパク質は難しい
学生です。

論文を読んでいて疑問に思ったので質問させてください。

ER/ゴルジに局在する2型膜タンパク質をコードする遺伝子を乗せたプラスミドのコンストラクションをしている論文を読んでいます。

その論文ではN末端側にFLAGタグを付加しています。

私のこれまでの理解では、N末側にはER/ゴルジに入るため（トランスロコンとの相互作用に。）のシグナル配列が必要で、それが無いと細胞質に拡散してしまうと思っていました。その論文ではきちんとER/ゴルジに局在しており、機能的に働いています。N末にFLAGなど付けたらER/ゴルジに行けないのでは？と思い、このタンパク質の機能的なドメイン検索したところ、このタンパク質にはシグナル配列がなさそうです。

そのため、FLAGをN末に付けているんだろうと思うんですが、シグナル配列が無いタンパク質でもER/ゴルジに移行できるタンパク質はそれほど珍しくもないのでしょうか？

FLAGの外側にはシグナル配列を持たせてはいないようです。
素人的な質問で情けないですが、教科書で分泌系を学んではいるのですが、これが例外にあたるのかと思い、質問しました。あるいは私の理解が間違っていたらご指摘いただけますと嬉しいです。
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