Bio Technical フォーラム

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mRNAの発現調節の推定方法 トピック削除
No.4002-TOPIC - 2015/04/10 (金) 23:14:21 - よろしく
どうぞよろしくお願いします。

ある哺乳動物の遺伝子の発現量を、mRNAについては
リアルタイムPCRによって、蛋白についてはウエスタ
ンブロットで測定しました。

その結果、エストロジェンやプロジェステロンが
発現量を調節しているのでは無いかと考えられるよう
な結果が得られました。

もちろん、そのmRNAのアクセッション番号は判ってい
ます。

教えていただきたい事は、そのmRNAの発現調節をする
プロモーター領域に、エストロジェンやプロジェステ
ロンの核型受容体が結合する部位があるかどうかを
データベースの情報を検索して、推定する方法です。

その哺乳動物のゲノムプロジェクトは完了しているので
何らかの方法はあると思うのですが、ドライな手法に
は非常にうとくて困っています。

どうぞよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4002-2 - 2015/04/10 (金) 23:55:48 - おお
TRANSFACとか昔からあったと思うけど、いまはどうなってるかな。コンセンサス配列を見つけるだけでしたが。DNA解析用のソフトなどにもコンセンサス配列検出用のプログラムが入っていたりするから、それでもできると思う。
それ以上のことが今できるようになっているかはよくわからない。あ、chipのデーターもデーターベース化されていると思う。

mRNAの発現調節の推定方法 削除/引用
No.4002-1 - 2015/04/10 (金) 23:14:21 - よろしく
どうぞよろしくお願いします。

ある哺乳動物の遺伝子の発現量を、mRNAについては
リアルタイムPCRによって、蛋白についてはウエスタ
ンブロットで測定しました。

その結果、エストロジェンやプロジェステロンが
発現量を調節しているのでは無いかと考えられるよう
な結果が得られました。

もちろん、そのmRNAのアクセッション番号は判ってい
ます。

教えていただきたい事は、そのmRNAの発現調節をする
プロモーター領域に、エストロジェンやプロジェステ
ロンの核型受容体が結合する部位があるかどうかを
データベースの情報を検索して、推定する方法です。

その哺乳動物のゲノムプロジェクトは完了しているので
何らかの方法はあると思うのですが、ドライな手法に
は非常にうとくて困っています。

どうぞよろしくお願いします。

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