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SWISS-MODELで得られたデータをPDBファイルに変換する方法 トピック削除
No.3989-TOPIC - 2015/04/07 (火) 09:44:07 - Tm
質問させてください。

SWISS-MODELを使って構造未知のタンパク質Xの構造予測を行いました。

この予測されたタンパク質Xの構造が、Xのホモロジータンパク質Y(構造は既知です)とどの程度似ているかを比較したいです。その比較はTopmatchを用いることにしています。

質問なのですが、タンパク質YのPDBファイルは入手しましたが、予測されたタンパク質XのデータをTopmatchで認識されるようにしたいです。そのためにPDBファイルにしなくてはならないと思うのですが、SWISS-MODELで得られたデータをPDBファイルに変換する方法をご教示いただけますと幸いです。

大変稚拙な質問で恐縮ですが、どうかよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.3989-2 - 2015/04/07 (火) 10:34:15 - Tm
自己解決できました。ありがとうございます。

SWISS-MODELで得られたデータをPDBファイルに変換する方法 削除/引用
No.3989-1 - 2015/04/07 (火) 09:44:07 - Tm
質問させてください。

SWISS-MODELを使って構造未知のタンパク質Xの構造予測を行いました。

この予測されたタンパク質Xの構造が、Xのホモロジータンパク質Y(構造は既知です)とどの程度似ているかを比較したいです。その比較はTopmatchを用いることにしています。

質問なのですが、タンパク質YのPDBファイルは入手しましたが、予測されたタンパク質XのデータをTopmatchで認識されるようにしたいです。そのためにPDBファイルにしなくてはならないと思うのですが、SWISS-MODELで得られたデータをPDBファイルに変換する方法をご教示いただけますと幸いです。

大変稚拙な質問で恐縮ですが、どうかよろしくお願いいたします。

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