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ありがとうございます 削除/引用 No.3976-5 - 2015/04/01 (水) 22:01:59 - okinawa おおさんAPさんありがとうございます。自分の勘違いと思い込みが激しかったです。 何もわからんと思い思い切って聞いてよかったです。 勉強不足を恥じて励みたいと思います。 ゲノムプロジェクトでわかった配列を参考にしつつサザンに関しても勉強してみたいと思います。 >[Re:3] APさん: 目的の遺伝子のコピー数だって、まずSouthern analysisで見てもいいくらい（バンドの濃さではなく、locusごとの断片長の多型による複数のバンドが観察されるか、シングルバンドかで判断）。 目的の遺伝子は１部分（400bp程度）をクローニング後シーケンスをして配列の違いからアレル数を出しました。その確認にリアルタイムPCRを、と考えたのですが、サザンをまず行うべきでしょうか。 また、locusごとの断片長というのはこの場合400bp内のアレルごとに異なる配列に合うような制限酵素で切るということでしょうか。すみません。おそらく何もわかっていない者の質問だと思いますがお助け下さい。

(無題) 削除/引用 No.3976-4 - 2015/04/01 (水) 20:24:35 - おお 前のコメントでかこうかどうか迷いましたが、わたしもハウスキーピング遺伝子にこだわらないでいいかと思います。極端な話、intergenicな部分(遺伝子と遺伝子の間にある転写されないような部分)でもOKかと。 また、サザンが無難とわたしも思うのですが、そう言うのも含め情報は結構探せばあると思うので情報収集力次第かもしれません。また遺伝子が重複してたりしたとしても100%配列が一緒とも限らないことも考えておかないといけないかもしれませんね。 2コピーある遺伝子などポジこんがあればなおいいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.3976-3 - 2015/04/01 (水) 20:03:58 - AP ゲノム内の遺伝子コピー数を調べるのだったら、ハウスキーピングでなければならない理由はないんじゃないですか？　ゲノム中に1コピー（接合体では2コピー）の遺伝子ならなんでも。ハウスキーピング遺伝子を使うのはRNAのコピー数、つまり発現量の測定値を補正、標準化してサンプル間で比較するような場合でしょう？ いや、よく読んだら、 >ゲノム上に１コピーのものを探しハウスキーピング遺伝子として用いようと考えたのですが と書いてあるから、根本的に誤解しているに違いない。ハウスキーピング遺伝子というのは、「内部標準として使う遺伝子」という意味ではないですよ。house keepingの意味知っていますよね？　家事です。 どんな家庭にも共通して家庭を維持するために必須な「家事」があるように、どんな細胞でも共通して生存を維持するために必要な遺伝子がある。そういう遺伝子を家事になぞらえてハウスキーピング遺伝子というんです。そういう遺伝子は細胞に関わらず同程度発現しているだろうということで、発現量を計測するときの内部標準に使われることが多い、というだけです。 さて、標準として使う遺伝子の候補は、前ゲノム解析の終わった鳥類から見つけるとして、それがsingle copyかどうかを調べるのでしたら、Genomic Southern analysisをするにしかず、です。目的の遺伝子のコピー数だって、まずSouthern analysisで見てもいいくらい（バンドの濃さではなく、locusごとの断片長の多型による複数のバンドが観察されるか、シングルバンドかで判断）。むしろそのほうがreliableじゃないでしょうか。それに加えてqPCRで補強するという感じで。

(無題) 削除/引用 No.3976-2 - 2015/04/01 (水) 19:12:23 - おお ttp://www.ensembl.org/Gallus_gallus/Info/Index ttp://www.ensembl.org/Anas_platyrhynchos/Info/Index ttp://www.ensembl.org/Meleagris_gallopavo/Info/Index ttp://www.ensembl.org/Ficedula_albicollis/Info/Index ttp://www.ensembl.org/Taeniopygia_guttata/Info/Index この辺りはゲノムプロジェクトが進んでいるようですが。 これらの種いがいでも、有用な情報が得られるのでは?

リアルタイムPCR　ハウスキーピング遺伝子 削除/引用 No.3976-1 - 2015/04/01 (水) 18:14:00 - okinawa 初心者かつ、実験室にリアルタイムPCRを行ったことのある方がいらっしゃらないのでここで質問させていただきます。大学４年のものです。 実験で「鳥のgenomicDNAのある遺伝子（遺伝子重複あり）の遺伝子座数」を求めたく（教授にテーマとして与えてもらった）、リアルタイムPCRの相対定量を行おうと考えています。 最初、ハウスキーピング遺伝子としてGAPDHを用いようと考えていたのですが、他の生物ではGAPDHにいくつかの偽遺伝子がある可能性があり、ハウスキーピング遺伝子として用いるのは微妙との報告を見ました。 そこで、鳥類の遺伝子の内、ゲノム上に１コピーのものを探しハウスキーピング遺伝子として用いようと考えたのですが、探し方がわからず困っています。 質問は １；探し方（ヒトやマウスを参考にするのか、した後どうすればよいのか。鳥でそのような情報があるのか） ２；１コピーだとどのように確認するのか です。 うまくかけずすみません。ほんとうにわからないことだらけで、助けていただければ幸いです。

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