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(無題) 削除/引用 No.3934-4 - 2015/03/11 (水) 10:51:04 - mon クローニング目的でしょうか？ それなら、増幅できれば良い(Oligo長は25mer以上、cycle数は30-40）という観点での(少ない）経験から、 3'末端のN：4種類のMixですし、3'-5'exonuclease活性（校正機能）を有する酵素ならさほど苦労しません。 3'末端のNN：16種類のMixになりpriming効率が低下するせいか成功率が極端に悪くなります。ですがアニーリング時間や伸長時間を長くすると増えることもあります（ただし増えたとしても量は少なめ）。 3'末端から4-5bpほど5'側のNならほとんど場合増えますが、4種類のクローンが得られます。NNだと周りの配列の影響を受けるようです（3'側がATのみだと増えないことも多いかも？）。 3'末端から10bpほど5'側のNNだとほとんど増えました。 どのパターンでも再度正しい配列の確定作業が必要です（アミノ酸コードに変化がなければ省くこともできる：発現効率に影響するかも）。

Re: 削除/引用 No.3934-2 - 2015/03/11 (水) 03:29:04 - UC 目的によるとしか言えませんが、3'側に数個の混合塩基が含まれていると、各々の塩基に応じてプライマーのTmも変わってくるので、プライミングのことを考えれば、PCR効率にも影響するでしょう。目的を明確にしたほうが的確なアドバイスが得られると思いますよ。

混合プライマーについて 削除/引用 No.3934-1 - 2015/03/10 (火) 08:41:48 - tora 質問です。 混合プライマーを設計しようと思うのですが、3側にあまり多く混合塩基を設計するのは良くないのでしょうか。 漠然とした質問で申し訳ありませんが、混合プライマーについて経験のある方、アドバイスお願いします。

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