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十分じゃないけど 削除/引用 No.3912-3 - 2015/03/04 (水) 10:29:58 - ema C57BL6Nは2014 OctにJと比較している（全情報じゃないかも）論文がでてたのでその部分に関してはできるかと https://www.jstage.jst.go.jp/article/expanim/advpub/0/advpub_14-0061/_article 129S2は今の所みつけられませんでした。

(無題) 削除/引用 No.3912-2 - 2015/03/04 (水) 01:17:07 - おお >SNPを見つけることができませんでした。 具体的にどういうことでしょうか。 なんだかよくわかりません。

マウスのSNP検出について(129S2, C57BL6Nの場合） 削除/引用 No.3912-1 - 2015/03/03 (火) 19:28:10 - actgnn いつも大変お世話になり、ありがとうございます。 hybrid ES細胞（バックグラウンドは、129S2とC57BL6Nです）のある遺伝子の上流のSNPを検出したいと考えました。 そのために、MGIでSNPデータベースから、129S1とC57BL6Jのものをとりあえず用いて、検索後、両方で違いがあることを確認しました。（rs6218550） その後、そのSNP候補を挟んで上下流300bpずつの位置にプライマーを設計し、PCRで増幅後（KODFxNeoでx40)PCR purification kit(promega)で精製して、通常のサンガーシークエンスで、両方向からシークエンス解析を行ったところ、特にこの範囲にSNPを見つけることができませんでした。 恐らく方法はまちがっていないのではないかとおもいますが、このES細胞を用いる限りは、129S2とC57BL6Nの情報がないために、暗中模索状態になりました。 そこで解決方法は、 １，データベースを見落としている可能性 ２，ES細胞の元々の系統を変える ３，実験手法を見直す（近辺がターゲットなので、プライマーウォーキングしてでも、もっと広範囲を観察する） ４，３では効率が悪すぎるので、網羅的SNP解析法を考慮する 等が考えられますが、経験者様あるいは、お詳しい先生方のご助言頂けますと大変ありがたいです。よろしくお願いいたします。

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