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レーン位置によるブレ(ウェスタンブロッティング) トピック削除
No.3909-TOPIC - 2015/03/02 (月) 14:31:06 - WBWB
ウェスタンブロッティングを行う際、両端のレーンに同じサンプルを同じ量で注入しているのですが、目的タンパクのバンドを検出すると、左端のレーンよりも右端のレーンで明らかに濃く検出されてしまいました。レーン位置によって転写効率が違ってしまっているようなのですが、これを解消する方法にはどういったものが考えられますでしょうか?(転写槽の問題?ゲルとメンブレンの圧着方法の問題?)ちなみに、転写槽はセミドライタイプのものを使用しています。
 
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No.3909-8 - 2015/03/05 (木) 00:44:54 - yyy
ブロッターの問題である可能性は極めて高いのですが、メンブレンの右と左でシグナル強度が異なることはよくあることなので、コントロールを両端に流すようにして、両者の違いが大きければその回の結果は使わないようにしてます。
ブロッター上の位置による特性が原因だと思うのですが、色々と場所とか方向とか試しても起こる時は起こるので、何が主原因かは特定できず、上記のようにしてる状況です。
人によっては、サンプルの順番をランダムにして統計処理して結果を出したりしてましたが、それだとまた別の問題が出てきそうなので自分ではやってません。

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No.3909-7 - 2015/03/03 (火) 11:05:03 - 中年
拡散云々の可能性も含めて、まずはポンソーやクマシーで染色して、問題が転写にあるのか転写後にあるのかを明らかにすべきでしょう。

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No.3909-6 - 2015/03/03 (火) 09:23:03 - WBWB
アドバイスいただきありがとうございます。

両端のレーンについてですが、最端のレーンにはマーカー、その隣に
スマイリング防止のサンプル、その隣から8レーンを定量対象のサンプル、
その隣にまたスマイリング防止サンプル、というように注入しています。
この、スマイリング防止サンプルのバンド濃度に、左右で明らかに差があったので
WB全体の操作の中のどこかで、左右に偏りが生じたのかもと思いました。
もしそうだと定量性に不安があるため、トピックを投稿した次第です。

おお様

抗体反応時の震とう方法は問題無さそうです。
ポンソーで染めてみるのは、試したいと思います。

何かコツなどご存知でしたら、またコメントをお願い致します。
サンプル注入時の時間経過で拡散してしまったのか?とも考えました。
そういった可能性はありますか?あまり時間をかけている認識はありませんが・・・。
あと、転写槽(セミドライ)に重しを乗せることも考えていますがどうでしょうか?

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No.3909-5 - 2015/03/02 (月) 23:28:03 - 名無し
ゲルの端っこのレーンにきれいな泳動を期待するのはそもそもかなり無理がある。期待に答えてくれるのはせいぜい3レーン目あたりから。

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No.3909-4 - 2015/03/02 (月) 23:21:16 - qw
>両端のレーンに同じサンプルを同じ量
本当に端のレーンを使っているのであれば、
解消する方法:両端2レーン程度は使わないでマージンとして残しておく。

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No.3909-2 - 2015/03/02 (月) 14:42:32 - おお
えっと私の場合抗体とincubationするとき、メンブレンにうつったレーンにそって上下に行き来するように震とうすると解消された気分になってます。レーンをクロスするような状態で震とうすると端のレーンは溶液が集中するタイミングがあるけど真ん中はないので。。。
気分だけかもしれません。transferの具合はtransfer後ponceauとかでそめてみてください。その染まりぐあいとWBのバンドの強さで同じように出るならtranferのもんだいだし。またいつも右側とかだというのだったら、ゲル板、えいどうそうなどのくせの可能性もあるかもしれません。

レーン位置によるブレ(ウェスタンブロッティング) 削除/引用
No.3909-1 - 2015/03/02 (月) 14:31:06 - WBWB
ウェスタンブロッティングを行う際、両端のレーンに同じサンプルを同じ量で注入しているのですが、目的タンパクのバンドを検出すると、左端のレーンよりも右端のレーンで明らかに濃く検出されてしまいました。レーン位置によって転写効率が違ってしまっているようなのですが、これを解消する方法にはどういったものが考えられますでしょうか?(転写槽の問題?ゲルとメンブレンの圧着方法の問題?)ちなみに、転写槽はセミドライタイプのものを使用しています。

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