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(無題) 削除/引用 No.3883-6 - 2015/02/25 (水) 11:03:46 - まち スタンダードに使っているものはなんでしょうか、 長い方が少なくなるようなものってことはないですかね・・

(無題) 削除/引用 No.3883-5 - 2015/02/25 (水) 07:41:53 - おお ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2676791/ たぶん調べられているとはおもいますが、この辺りの文献のreferencesとか再確認するといいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.3883-4 - 2015/02/25 (水) 07:06:27 - おお たしかに長いのは不向きと一般にいわれていますが、たいていの理由は増幅効率が落ちる可能性があるからと書いてますね。検量線などで測れていることをしめせばデーターの妥当性は示せるので、ある程度説得はできると思いますが。 立ち上がりが遅くなるのはよくわかりませんけど、初期の増幅効率が悪いと考えると、、、templateのdenatureがあまり効率よくないんでしょうかねぇ。denature温度、時間を変更して改善できればそれに越したことはないでしょうから、、、 DNA damageを見るために長めのampliconを設定するっていうのはなにかでちらっとみましたから、、、方法論的にはありだと思いますが、細かくはわかりません。。。

(無題) 削除/引用 No.3883-3 - 2015/02/24 (火) 16:50:23 - en コピー数ベースで計算を行っています。

(無題) 削除/引用 No.3883-2 - 2015/02/23 (月) 23:56:28 - おお copy数ベースで計算してますか?ugとか重量ベースで計算してますか?

長鎖でのリアルタイムpcrについて 削除/引用 No.3883-1 - 2015/02/23 (月) 15:18:16 - en 質問です。 現在、遺伝子損傷の研究をしており、長鎖でのpcrを行っています。 ターゲットの長さを1266となるようプライマーを設計し、リアルタイムpcrを行いました。 ３steppcrを行い、プロトコルは 61℃　30s 72℃　2min 95℃ 10s 40サイクルで行いました。 スタンダードにおいて、増幅効率は１００%近く出たのですが、以前使用していたプライマー（鎖長88)と比較して立ち上がりのみ遅くなる傾向が見られました。希釈したサンプルは正しくサイクルがずれています。 そもそも長鎖ではサイクルが低く出るものなのでしょうか? リアルタイムpcrが不向きなのは把握しています。最確数法にきり変えて定量をした方がいいのでしょうか?

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