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bufferの異なる制限酵素処理について トピック削除
No.3814-TOPIC - 2015/02/03 (火) 14:49:03 - R.E.
FastDigestのPacI、SgsIとTaKaRaのBamHIをPacI,BamHIとSgsI,BamHIの組み合わせで
制限酵素処理をしたいと考えています。
これらは用いるbufferが異なるのですが、同時に処理を行うことはできるのでしょうか。
また、FastDigest Bufferの組成は公表されていないのでしょうか。
 
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sUaBJOhVCQ 削除/引用
No.3814-8 - 2017/10/21 (土) 15:00:35 - JimmiNi
luhExw http://www.FyLitCl7Pf7ojQdDUOLQOuaxTXbj5iNG.com

(無題) 削除/引用
No.3814-7 - 2015/02/04 (水) 10:15:48 - AP
いくつかのメーカーから最近出ている万能バッファーは、Molecular Cloningの第二版に出ていたKGBが原典みたいですね。FermentasのY-Tangoなんかも。
Potassium GlutamateをPotassium acetateに変更して。KGBは普及しないうちに廃れたものだと思っていましたが、こういう形で製品化されてリバイバルしたんですね。なにか、すごい画期的な企業秘密があるのかと思っていましたが。

ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334647/?page=1

(無題) 削除/引用
No.3814-6 - 2015/02/04 (水) 09:51:23 - R.E.
ありがとうございます!
APさんの言う通り、エタ沈をはさんでさっさとやることにしました。
FD BamHIを注文してしまうことも考えましたが、時間とコストがかかってしまうので。。

(無題) 削除/引用
No.3814-5 - 2015/02/04 (水) 09:41:11 - mon
1x Y-tango や1x NEB#4+BSA +PacIやSgsIで切断、2xの濃さにしてBamHIで切断かな。
お金持ちの切り方は、1.5x Y-tango(NEB#4+BSA)あたりで、多めの酵素で切断。
ただし、スター活性(ー>やり直し)や切れ残りに注意かな。

(無題) 削除/引用
No.3814-4 - 2015/02/04 (水) 06:20:41 - おお
APさんに一票。
メーカーによっては塩濃度や各バッファー(組成を公表している)での活性を提示しているので、それをもとに両者で切れそうなバッファーを選ぶことはまあまあありますが、、、

Pac IはNEBでみるとsmart cut bufferでしたか。potassium 50mMでタカラだとbuffer Tにちかいですが、buffer TはBamHIと相性がわるいですね。。。NEBのsmart cut (昔のbuffer 4)はBamHIと相性がいいんですけど、それがあるんなら使ってもいいのかもしれません。

まあでも不確実さなども考慮しないといけないので一つづつやるほうがぶなんですよ。
ttps://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/nebuffer-performance-chart-with-restriction-enzymes

ttp://www.clontech.com/takara/US/Support/Applications/Restriction_Enzymes/Buffer_Activity_Chart

(無題) 削除/引用
No.3814-3 - 2015/02/03 (火) 16:40:13 - AP
変なところでなやんで仕事が止まってしまうより、途中EtOH pptでバッファー交換して順次消化、でさっさと進めてしまいたまえ。

FastDigest bufferの組成は公開されていないとみました。NEBのsmartcutは公開されていて、まあ、ただのTA bufferあるいはT bufferといわれているもののように見受けられましたが。

参考まで・・・ 削除/引用
No.3814-2 - 2015/02/03 (火) 15:04:32 - a
それぞれのbuffer推奨bufferはなんですか?
別メーカーでも名前が同じようなbuffer(例えばH と high とか、L と lowとか)ならだいたいいけます(厳密には組成違いますけど).
ただ、酵素によってそういう悪条件では活性が極端に落ちるものもありますのでご注意を。

buffer組成はカタログに載ってると思いますよ。

bufferの異なる制限酵素処理について 削除/引用
No.3814-1 - 2015/02/03 (火) 14:49:03 - R.E.
FastDigestのPacI、SgsIとTaKaRaのBamHIをPacI,BamHIとSgsI,BamHIの組み合わせで
制限酵素処理をしたいと考えています。
これらは用いるbufferが異なるのですが、同時に処理を行うことはできるのでしょうか。
また、FastDigest Bufferの組成は公表されていないのでしょうか。

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