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(無題) 削除/引用 No.3807-4 - 2015/02/03 (火) 17:12:32 - seven トランスクリプトームの場合はスプライシングアイソフォームの問題があったりするのでTrinityなどのトランスクリプト用のアセンブラのほうがよいかもです。 最終的には通常のシーケンサによる配列決定やqPCRによる定量などでの確認がデータの正しさを決めるのに重要なので、次世代シーケンサーによるアセンブル＆定量はあくまでふるい分け程度に考えたほうがよいです。

(無題) 削除/引用 No.3807-3 - 2015/02/03 (火) 16:39:12 - アッセンブラー 対象はmRNAです。 SOAPでは全くアッセンブルされておらず、 リードそのものを対象にしてもそのような傾向がないので、 CLCについてはかなり？？？になっています。

(無題) 削除/引用 No.3807-2 - 2015/02/03 (火) 11:08:26 - seven バイオインフォマティクスの結果はパラメータの設定やゲノムの複雑性などで結果が大きく変わってきます。 なので別の方法で確かめることが重要です。 少なくとも提示されている条件だけで外部の人間がどちらが確からしいか判別することは不可能です。 あと遺伝子の相同性とありますが対象はmRNAですか？対象がゲノムからトランスクリプトで下流の解析も変わってくると思うのですが。

アッセンブラーによる違い 削除/引用 No.3807-1 - 2015/02/02 (月) 18:16:07 - アッセンブラー ゲノムをHiseq2000でショットガンシーケンスしました。 アッセンブラー（CLC Assembly Cell とSOAP denovo2 ）でde novoアッセンブルしたところ、それぞれ近縁種にヒットする遺伝子数がかなり違っていました。 CLCの方が多くの遺伝子にヒットしますが、結果の解釈的にはSOAPの方がすっきりします。 CLCはごくわずかまじってしましったDNAをうまくアッセンブルしてしまうのでしょうか？

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