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(無題) 削除/引用 No.3806-15 - 2015/02/06 (金) 13:20:37 - 中年 白い浮遊物なら溶け残りのDNAである可能性は低いと思います。正体が何かは、プラスミドをどのように精製したかに依りますね。

(無題) 削除/引用 No.3806-14 - 2015/02/06 (金) 09:19:39 - melano すみません 単位はおおさんの通りであっています。。 ところで、白いものが溶けきっていなかったDNAならば、少し水を足した後に温度を上げれば溶けるのでしょうか。また何度まで上げてもDNAに影響が現れないのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.3806-13 - 2015/02/06 (金) 04:04:01 - おお ug/ulじゃないでしょうかね。ぐーぐるのほりこんでサーチすると訂正して表示してくれたりするのに気がつきました。 まあ普通のプラスミドならプラクティカルにはそんなに高い濃度でもないですけど、、、高分子で粘性を考えるとちょっと高いのかもしれません。しろいものは溶けきってなかったってことでしょうかね。。。

(無題) 削除/引用 No.3806-12 - 2015/02/06 (金) 03:36:30 - 小児科医師（ゆとり教育） melanoさん、濃度が文字化けしているようなので後学のためもう一度記載していただけると幸いです。

(無題) 削除/引用 No.3806-11 - 2015/02/02 (月) 20:45:18 - melano PCRをしてみたところ、目的のバンドが現れました。 また、ラボの人たちにも聞いてみたところ、プラスミドDNAの濃度が 高すぎるのでは、と言われ、測定してみたところ、１µg/µlほどの値であったため、 これが原因であるという結論に至りました。 様々な回答本当に参考になりました。

(無題) 削除/引用 No.3806-10 - 2015/02/02 (月) 18:21:37 - おお まあぶっちゃけBACが入っている大腸菌からでもPCRできるだろうね、たいていは。

(無題) 削除/引用 No.3806-9 - 2015/02/02 (月) 18:01:05 - ~ PCRで増やすことがそのBAC調製の目的のようですので、 とりあえずPCRはいい手だと思います。 希釈したものをテンプレートにすれば、DNA以外の持ち込みの影響を減らせます。 PCRで目的のサイズのバンドが得られれば、 それのシークエンシングで目的のものかを確認できるでしょう。 電気泳動によるチェックは、PCRで増えなかった後でもいいと思います。 おそらくはBACの配列は分かっていますよね。 適当な制限酵素できれば、バンドパターンで想定しているものかどうか 判別できるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.3806-8 - 2015/02/02 (月) 16:33:16 - おお あとBACであろうと、電気えいどうで確認することはあろうかと、、、勘違いしてるかな。。。

(無題) 削除/引用 No.3806-7 - 2015/02/02 (月) 16:31:02 - おお 80kbpなら粘性があってもおかしくないような気がします。普通のplasmid精製キットで効率よく取れるんかな。。。

(無題) 削除/引用 No.3806-6 - 2015/02/02 (月) 16:26:04 - melano たくさんのお返事ありがとうございます。 プラスミドはQIAGEN plasmid maxi kits を用いて精製しました。 そのプラスミドはBAC clone を持っていて、約80kbにも及ぶため、 制限酵素処理後の電気泳動でも判別は難しいかと。。 とりあえずPCRをして、目的のバンドが出るか試してみることにします。

(無題) 削除/引用 No.3806-5 - 2015/02/02 (月) 15:50:19 - おお ちなみにそのプラスミドはどうやってとったんでしょうか?ゲノムのゲノムのコンタミしやすい方法だったらそうかもしれん。精製後は電気えいどうでかくにんしてますよね。完全に予測できる位置だけにばんどがありましたか?

(無題) 削除/引用 No.3806-4 - 2015/02/02 (月) 15:47:11 - おお ちょっと電気えいどうでながしてみ?分解されてなかったらPCRには何とか使えるかもしれないし。あと白い物とか気になるならどうかな、、、フェノクロでエタチンしてみる?念のため。フェノクロしょうりゃくでもものによってはいいかも知れんけど。あるいはカラムというかシリカのpurification kitとか。

(無題) 削除/引用 No.3806-3 - 2015/02/02 (月) 13:16:57 - ~ ・粘り気 →DNAによる粘性 →カビ等のコンタミ ・白いもの →DNAやRNAの溶け残り →SDSや夾雑物がの残渣 →カビ等のコンタミ 粘り気や白いものが、 →DNAなら、濃度を調製すればPCRには影響しないと考えられる。 →SDSや夾雑物なら、PCR反応を阻害する可能性がある。 →カビ等なら、それらもテンプレートとなったり、 　生体中のタンパク質等がPCR反応を阻害する可能性がある。

(無題) 削除/引用 No.3806-2 - 2015/02/02 (月) 12:52:37 - AP カビじゃないの？

プラスミドDNAの保存について 削除/引用 No.3806-1 - 2015/02/02 (月) 12:34:36 - melano こんにちは 大腸菌からプラスミドDNAを精製し、TE buffer中に４℃で保存していました。 今日それを使おうと思ったところ、溶液に粘り気がでていました。 よく見ると小さい白いものが浮いているのも見られます。 一体何が原因なのでしょうか。 そして、そのプラスミドをPCRのテンプレとして使いたいのですが、 何か影響はあるのでしょうか。 よろしくお願いします。

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